Jie vingiuoja po Romos žeme, palei Apijaus kelią, išties bauginančiai atrodančiais tuneliais, kurių ilgis - daugiau kaip 25 km, išsidėstę keturiuose lygiuose, o gylis siekia daugiau kaip 20 metrų. Pasak tradicijos, jie tęsiasi dar 200 km po žeme Lacijuje. Katakombos buvo laidojimo vietos, taip pat tapo Romos imperijos persekiojamų pirmųjų krikščionių piligrimystės vietomis. Tai istorijos kupina vieta, kurią supa magiška, unikali ir brangi atmosfera. Šiose katakombose palaidota nežinomas skaičius kankinių, 16 pontifikų ir daug paprastų žmonių. Jų pavadinimas kilo nuo diakono šventojo Kalisto, kurį III a. pradžioje popiežius Zefyrinas paskyrė administruoti kapines, todėl šventojo Kalisto katakombos tapo oficialiomis Romos Bažnyčios kapinėmis.
Požemiuose matomos dvi nedidelės bazilikos su trimis apsidėmis, vadinamos "Tricore". Rytinėje, tikėtina, buvo palaidoti popiežius šventasis Zefyrinas ir jaunasis Eucharistijos kankinys šventasis Tarcizijus.
Požemines kapines sudaro kelios zonos. Popiežių kripta yra švenčiausia ir svarbiausia šių katakombų vieta, vadinama "mažuoju Vatikanu", nes čia palaidoti 9 popiežiai ir tikriausiai 8 III a. Bažnyčios dignitoriai. Palei sienas yra originalūs 5 popiežių užrašai graikų kalba. Ant keturių antkapinių paminklų šalia pontifiko vardo yra titulas "vyskupas", nes popiežius buvo laikomas Romos Bažnyčios galva, o ant dviejų antkapinių paminklų taip pat yra graikiška santrumpa "MPT" (kankinys).
Populiarios muzikos globėjos šventosios Cecilijos kripta. Kilusi iš kilmingos romėnų šeimos, ji buvo nukankinta III amžiuje. Palaidota toje vietoje, kur dabar stovi jos statula, ji čia buvo garbinama mažiausiai penkis šimtmečius. 821 m. jos relikvijos buvo pervežtos į jai skirtą baziliką Trasteverėje. Šventosios Cecilijos statula yra garsiojo Maderno kūrinio, sukurto 1599 m., kopija. Kripta buvo išpuošta freskomis ir mozaikomis. Šalia statulos ant sienos yra senovinis maldingai nusiteikusios šventosios Cecilijos atvaizdas; žemiau, mažoje nišoje, pavaizduotas Išganytojas, laikantis Evangeliją; šalia jo - kankinio popiežiaus Urbono paveikslas. Vienoje stogastulpio sienoje yra trijų kankinių: Polikamo, Sebastijono ir Kvirino figūros. tai seniausios šerdys (II a.).
Eidami pro įspūdingas galerijas, pilnas lokalų, patenkame į penkis nedidelius kambarius, tikras šeimos kapavietes, vadinamus sakramentų kubikulomis, ypač svarbias dėl freskų. III a. pradžios freskos simboliškai vaizduoja Batesimo ir Eucharistijos sakramentus. Čia taip pat vaizduojamas pranašas Jona, prisikėlimo simbolis.
