Pochodzenie Sanktuarium św. Michała można umiejscowić między końcem V a początkiem VI wieku. Świadczą o tym starożytne źródła pisane: list wysłany przez papieża Gelazjusza I w 493/494 r. do Justusa, biskupa Larino, inny list tego samego papieża do Herculentiusa, biskupa Potenzy (492 - 496) i ponownie notatka z Martyrologium Hieronima pod datą 29 września.Ale to właśnie Liber de apparitione santi Michaelis in Monte Gargano, napisany w VIII wieku, w sposób precyzyjny i sugestywny rekonstruuje cudowne wydarzenia, które dały początek kultowi Archanioła Michała na Gargano. Wiąże się ze wspomnieniem czterech objawień, które miały miejsce na przestrzeni wieków, a które są opowiedziane z niezwykłą i poruszającą żywością i świadczą o cudownych wydarzeniach, które miały tu miejsce.Święta Grota od wieków wybierana jest jako miejsce pielgrzymek, miejsce modlitwy, a przede wszystkim pojednania z Bogiem. Objawienia są bowiem znakiem, zaproszeniem skierowanym do człowieka, aby ten pokłonił się przed Boskim Majestatem. W ciągu piętnastu wieków historii chrześcijanie z całego świata przybywali do Sanktuarium w Gargano, "domu Boga i bramy do nieba", aby znaleźć pokój i przebaczenie w kochających ramionach Ojca i oddać cześć Archaniołowi Michałowi.Wchodząc przez romański portal, znajdujemy się wewnątrz niebiańskiej Bazyliki, w miejscu wybranym przez św. Michała. Z całej atmosfery tego świętego miejsca emanuje ciemny i tajemniczy promień, który urzeczywistnia się w grze światła i cienia między wnękami i w błyszczącej obecności urny, w której znajduje się posąg Michała Archanioła o niezrównanej wyrazistości. W serce wkrada się obezwładniające pragnienie poddania się boskiemu przebaczeniu: jest to zaproszenie wojowniczego Archanioła do przezwyciężenia naszych słabości i ponownego wyruszenia w drogę, silnego przebaczeniem wszystkich grzechów. Kościół, nie konsekrowany ręką ludzką, jest wyraźnie podzielony na dwie części: jedna po wejściu, murowana, zwana nawą angijską, i druga w stanie naturalnym, pieczara otwarta przez samą naturę w skale wapiennej.Zaraz po wejściu, po prawej stronie, znajduje się mały ołtarz, wzniesiony na cześć św. Franciszka: upamiętnia on jego wizytę w naszym Sanktuarium, którą odbył w 1216 r.Franciszek, który przybył na Monte Sant'Angelo, aby uzyskać anielskie przebaczenie, nie czując się godnym wejścia do Groty, zatrzymał się w modlitwie i skupieniu przy wejściu, ucałował ziemię i wyrył na kamieniu znak krzyża w kształcie litery "T" (tau). W języku biblijnym znak "T" był symbolem zbawienia. Z tej historii możemy zrozumieć, jak wielką wagę przywiązywał Biedaczyna z Asyżu do tej Groty ze względu na szczególną godność świętego miejsca i w celu ratowania dusz. Już po kilku krokach od ołtarza św. Franciszka otwiera się przed zwiedzającym wyjątkowy spektakl: grota, ze swoim nieregularnym skalnym sklepieniem, która przez wieki przyjmowała miliony pielgrzymów, miejsce, w którym tak wielu grzeszników znalazło przebaczenie i pokój. Tam wierzący czuje się jak syn marnotrawny powracający do domu Ojca, prowadzony i chroniony przez św. Michała.Wnętrze tej groty, konsekrowane nie ręką ludzką, ale samym św. Michałem (jak oświadczył w jednym ze swoich objawień), swoimi różnymi elementami daje świadectwo wielowiekowej historii.Możemy tu podziwiać następujące dzieła: W prezbiterium: posąg św. Michała, obrońcy tego świętego miejsca, dzieło Andrei Contucciego znanego również jako Sansovino (1507), wyrzeźbiony w białym marmurze karraryjskim przedstawiający księcia niebiańskiej milicji, w postawie wojownika depczącego szatana w postaci potwora, krzesło biskupie (pierwsza połowa XI wieku), posąg św. Sebastiana (XV w.), Obok prezbiterium: ołtarz Matki Bożej Nieustającej Pomocy (jeden z najstarszych ołtarzy w Bazylice Celestyńskiej), wysoka płaskorzeźba Trójcy Świętej, figura Matki Bożej Konstantynopolitańskiej, płaskorzeźba św. Mateusza Apostoła i Ewangelisty. W małej grocie, zwanej Pozzetto, kamienne symulakrum św. Michała z XV wieku Wnęka w Grocie zwana Kamieniołomem kamieni w wyjściem awaryjnym. Idąc dalej obserwujemy tron królewski i dwa ołtarze z baldachimami: z Krucyfiksu i św. Piotra. KRYSZTAŁÓWNajbardziej uderzającą częścią starożytnych budowli sanktuarium są krypty. Pomieszczenia te pochodzą z czasów Longobardów i zostały odkryte w wyniku wykopalisk prowadzonych przez biskupa Nicola Quitadamo w latach 1949-1960. Niegdyś służyły jako wejście do Groty i zostały definitywnie opuszczone w XIII wieku, w czasie budowy angińskiej. Liczne napisy wzdłuż ścian "krypt", niektóre w alfabecie runicznym, świadczą o znacznym napływie pielgrzymów z całej Europy od czasów Longobardów.Krypty składają się z dwóch pomieszczeń, których struktury musiały zostać zbudowane w dwóch fazach następujących bezpośrednio po sobie. Niektóre inskrypcje ścienne zidentyfikowane w 1974 roku pozwoliły na datowanie konstrukcji pomiędzy końcem VII a początkiem VIII wieku.Krypty, o długości około 60 metrów, rozciągają się aż pod podłogą bazyliki. Pierwsza część ma formę portykowanej galerii, podzielonej na osiem prostokątnych przęseł. W tym sugestywnym otoczeniu eksponowane są różne rzeźby pochodzące z wykopalisk sanktuarium, dawnego kościoła św. Piotra i ruin opactwa benedyktyńskiego św. Marii z Pulsano. Wszystkie wystawione tu eksponaty pochodzą z VII - VIII wieku aż do XV wieku. Odwiedzając muzeum można podziwiać kilka rzeźb, które po raz kolejny świadczą o chwalebnej historii tego miejsca.Przechodząc przez otwór w murze oporowym, znajdujemy się w drugim pomieszczeniu pochodzącym z okresu Longobardów, (z wyraźnymi śladami konstrukcji przedlongobardzkich) podzielonym na dwie duże nawy, wyznaczone centralnym ciągiem trzech okrągłych łuków i ograniczone od północy i południa tyloma łukami wspartymi na masywnych filarach. W nawach znajdowały się klatki schodowe: prawa o przebiegu krzywoliniowym zachowała się w całości, lewa o przebiegu prostym została zniszczona podczas budowy. Obie klatki schodowe kończyły się na niewielkim płaskowyżu, ograniczonym od wschodu apsydą, z ołtarzem blokowym w kwadratowych popielnicach, ze śladami licznych inskrypcji. Na lewo od ołtarza znaleziono zabezpieczony kamiennymi płytami fresk zwany Custos Ecclesiae, który można przypisać do X wieku. Z pozostałości fresków i licznych inskrypcji ściennych możemy zrozumieć znaczenie Sanktuarium, zwłaszcza dla Lombardów.Pomieszczenia te zostały definitywnie oddzielone od Świętej Groty około lat 1270-1275, kiedy to Andegawenowie, ze swoimi nowymi budynkami, nadali Sanktuarium obecny układ, poświęcając wcześniejsze dzieła wzniesione ku czci św. Michała Archanioła.