Cea mai importantă parte a mănăstirii și a bisericii capucinilor este cripta de sub ea, care a făcut celebru orașul Savoca. A fost construită sub biserică și sub mica piață care dădea spre ea, la începutul secolului al XVII-lea. În interior se află 37 de mumii. Primul datează din 1776, cel al nobilului Pietro Salvadore, iar ultimul din 1876, cel al lui Giuseppe Trischitta. Ca și în cazul mănăstirii Capucinilor din Palermo, mumiile aparțin aristocrației Savoca, cum ar fi patricieni nobili, avocați, preoți, călugări, abați, medici, poeți, magistrați și trei copii. Pe măsură ce mumiile, la finalul procesului de îmbălsămare, au fost îmbrăcate în veșminte elegante, în nișele și sicriele care le conțin, apare, aproape ca într-o fotografie, un orășel din trecut: Savoca de altădată. Dintre cele 37 de mumii, 17 sunt expuse de-a lungul unui perete al criptei, în nișe, iar celelalte sunt păstrate în urne și sicrie, tot la subsol. Există, de asemenea, un altar, probabil pentru celebrarea slujbelor de sufragiu. Era nevoie de aproximativ șaizeci de zile pentru a "produce" o mumie, iar procesul de mumificare era similar în aproape toată Sicilia. Era o metodă cunoscută sub numele de uscare naturală. Cadavrul a fost supus inițial unei băi de două zile într-o diluție de sare și oțet. După ce s-a așteptat ca viscerele să se scurgă, acestea au fost duse în criptă, unde a avut loc uscarea "naturală" datorită curenților de aer din mediul înconjurător. Odată obținută mumia, aceasta era îmbrăcată în hainele sale și expusă solemn în interiorul criptei.
Faptul că mumificarea devenise un fel de modă în Sicilia secolului al XIX-lea este demonstrat de prezența în Savoca însăși (și în restul Siciliei, după cum vom vedea) a altor cripte și a altor mumii, cum ar fi în Biserica Mamă Santa Maria in Cielo Assunta, construită în 1130 și devenită în prezent monument național italian, în interiorul căreia sunt păstrate alte cadavre ale unor persoane notabile din oraș. În 1998, în timpul lucrărilor de restaurare a Bisericii Immaculatei Concepții, care se deteriorase (pentru a fi folosită ca centru filarmonic municipal), a fost descoperită sub podeaua templului vechea criptă, unde erau înmormântați frații de la Mănăstirea Fraților Franciscani Minori și locuitorii cartierului San Rocco.
