Nejdůležitější částí kapucínského kláštera a kostela je krypta pod ním, která navíc proslavila město Savoca. Byl postaven pod kostelem a malým náměstím na počátku 17. století. Uvnitř je 37 mumií. První pochází z roku 1776 a je dílem šlechtice Pietra Salvadoreho, poslední z roku 1876 a je dílem Giuseppe Trischitta. Stejně jako v kapucínském klášteře v Palermu patří mumie savojské aristokracii, například urozeným patricijům, právníkům, kněžím, mnichům, opatům, lékařům, básníkům, soudcům a třem dětem. Když jsou mumie na konci balzamovacího procesu oděny do elegantních rouch, ve výklencích a rakvích, které je obsahují, se téměř jako na fotografii objevuje malé město minulosti: Savoca minulých let. Z 37 mumií je 17 vystaveno podél jedné stěny krypty ve výklencích, ostatní jsou uloženy v urnách a rakvích, rovněž v suterénu. Nachází se zde také oltář, který pravděpodobně sloužil ke sloužení volebních mší. Výroba mumie trvala asi šedesát dní a proces mumifikace byl podobný téměř na celé Sicílii. Jednalo se o metodu známou jako přírodní sušení. Mrtvola byla nejprve podrobena dvoudenní koupeli v roztoku soli a octa. Poté, co se čekalo, až vnitřnosti vyschnou, byly přeneseny do krypty, kde díky vzdušným proudům v prostředí probíhalo "přirozené" sušení. Po získání mumie ji oblékli do jejích šatů a slavnostně vystavili v kryptě.
O tom, že se mumifikace stala na Sicílii v 19. století módou, svědčí přítomnost dalších krypt a mumií v samotné Savoče (a také na zbytku Sicílie, jak uvidíme), například v mateřském kostele Santa Maria in Cielo Assunta, postaveném v roce 1130, který je dnes italskou národní památkou a v němž jsou uchovávány další mrtvoly významných osobností města. V roce 1998 byla při restaurování kostela Neposkvrněného početí Panny Marie, který chátral (měl sloužit jako městské filharmonické centrum), pod podlahou chrámu objevena starobylá krypta, v níž byli pohřbeni řeholníci z kláštera menších bratří františkánů a samotní obyvatelé čtvrti San Rocco.
