Najdôležitejšou časťou kapucínskeho kláštora a kostola je krypta pod ním, ktorá navyše preslávila mesto Savoca. Bol postavený pod kostolom a malým námestím začiatkom 17. storočia. Vnútri sa nachádza 37 múmií. Prvý z nich pochádza z roku 1776, a to od šľachtica Pietra Salvadoreho, a posledný z roku 1876, od Giuseppeho Trischitta. Podobne ako v kapucínskom kláštore v Palerme, aj tu patria múmie savojskej aristokracie, ako sú vznešení patricijovia, právnici, kňazi, mnísi, opáti, lekári, básnici, sudcovia a tri deti. Keď múmie na konci balzamovania oblečú do elegantných šiat, vo výklenkoch a rakvách, v ktorých sú uložené, sa takmer ako na fotografii objaví malé mestečko z minulosti: Savoca z minulých rokov. Z 37 múmií je 17 vystavených pozdĺž jednej steny krypty vo výklenkoch, ostatné sú uložené v urnách a rakvách, tiež v suteréne. Nachádza sa tu aj oltár, ktorý pravdepodobne slúžil na slúženie volebných omší. Výroba múmie trvala približne šesťdesiat dní a proces mumifikácie bol podobný takmer na celej Sicílii. Išlo o metódu známu ako prirodzené sušenie. Mŕtvola sa najprv dva dni kúpala v roztoku soli a octu. Po čakaní na vyschnutie vnútorností ich preniesli do krypty, kde sa vďaka vzdušným prúdom v prostredí uskutočnilo "prirodzené" sušenie. Po získaní múmie ju obliekli do jej šiat a slávnostne vystavili v krypte.
O tom, že mumifikácia sa v 19. storočí stala na Sicílii módou, svedčí prítomnosť ďalších krýpt a múmií v samotnej Savoke (a na zvyšku Sicílie, ako uvidíme), napríklad v Kostole Matky Božej v Cielo Assunta, postavenom v roku 1130, ktorý je dnes talianskou národnou pamiatkou a v ktorom sa uchovávajú ďalšie telá významných osobností mesta. V roku 1998 sa počas reštauračných prác na kostole Nepoškvrneného počatia, ktorý chátral (mal slúžiť ako mestské filharmonické centrum), objavila pod podlahou chrámu starobylá krypta, v ktorej boli pochovaní bratia z kláštora menších bratov františkánov a samotní obyvatelia štvrte San Rocco.
