A parte máis importante do Convento e da Igrexa dos Capuchinos é a cripta subxacente que, ademais, fixo famosa a vila de Savoca. Construíuse debaixo da Igrexa e da praza de enfrontamento a principios do século XVI. No seu interior hai 37 momias. A primeira data de 1776, do nobre Pietro Salvadore, e a última de 1876, a de Giuseppe Trischitta. En canto ao Convento de Capuchinos de Palermo, as momias pertencen á aristocracia de Savoca, como son, por exemplo, nobres patricios, avogados, curas, monxes, abades, médicos, poetas, maxistrados e tres fillos. Dado que as momias, ao remate do proceso de embalsamamento, ían vestidas con roupa elegante, nos nichos e cadaleitos que as conteñen, aparecenos case como unha foto unha pequena aldea de época: a Savoca de noutrora.Das 37 momias, 17 están expostas ao longo dunha parede da cripta, contidas en nichos, as outras gárdanse en urnas e cadaleitos, tamén no soto. Tamén hai un altar, probablemente para a celebración das misas sufraxistas.Tardaron uns sesenta días en "producir" unha momia e o proceso de momificación foi similar en case toda Sicilia. Era un método chamado secado natural. Inicialmente, o corpo foi sometido a un baño de dous días nunha dilución de sal e vinagre. Despois de agardar a que escorresen as entrañas, foi trasladado á cripta, onde se producía o secado "natural", grazas ás correntes de aire propias da contorna. Unha vez conseguida a momia, vestíase coas súas roupas e expoñíase solemnemente no interior da cripta.Esa momificación se convertera nunha especie de moda no século XIX siciliano queda demostrada pola presenza na propia Savoca (e no resto de Sicilia, como veremos) doutras criptas e outras momias, como na Igrexa Madre de Santa María. en Cielo Assunta, construído en 1130 e hoxe monumento nacional italiano, no que se gardan outros corpos de notables da vila.No ano 1998, durante as obras de restauración da Igrexa da Inmaculada Concepción que caeu en ruína (para ser utilizada como centro filarmónico municipal), atopouse a antiga cripta baixo o chan do templo, onde se atopaban os frades do Convento dos Frades. Menores foron enterrados franciscanos e os propios habitantes do barrio de San Rocco.
