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A parte mais importante do Convento e da Igreja dos Capuchinhos é a cripta abaixo, que, além disso, tornou a cidade de Savoca famosa. Foi construído por baixo da Igreja e da pequena praça com vista no início do século XVII. No interior estão 37 múmias. A primeira data de 1776, a do nobre Pietro Salvadore, e a última de 1876, a de Giuseppe Trischitta. Tal como no Convento dos Capuchinhos em Palermo, as múmias pertencem à aristocracia de Savoca, tais como patrícios nobres, advogados, padres, monges, abades, médicos, poetas, magistrados e três crianças. Como as múmias, no final do processo de embalsamamento, estavam vestidas com elegantes vestes, nos nichos e caixões que as continham, aparece, quase como uma fotografia, uma pequena cidade do passado: a Savoca de outrora. Das 37 múmias, 17 são expostas ao longo de uma parede da cripta, contida em nichos, as outras são guardadas em urnas e caixões, também na cave. Existe também um altar, provavelmente para a celebração de missas por sufrágio. Foram necessários cerca de sessenta dias para 'produzir' uma múmia e o processo de mumificação foi semelhante em quase toda a Sicília. Era um método conhecido como secagem natural. O cadáver foi inicialmente submetido a um banho de dois dias numa diluição de sal e vinagre. Depois de esperar que as vísceras drenassem, foi levada para a cripta, onde a secagem 'natural' se deu graças às correntes de ar no ambiente. Uma vez obtida a múmia, esta foi vestida com a sua roupa e solenemente exposta no interior da cripta.
Essa mumificação tinha-se tornado algo de moda na Sicília do século XIX é demonstrada pela presença na própria Savoca (e no resto da Sicília, como veremos) de outras criptas e outras múmias, como na Igreja Mãe de Santa Maria em Cielo Assunta, construída em 1130 e agora monumento nacional italiano, no interior da qual se conservam outros cadáveres de personalidades da cidade. Em 1998, durante os trabalhos de restauração da Igreja da Imaculada Conceição, que tinha caído em ruínas (para ser usada como centro filarmónico municipal), foi descoberta a antiga cripta, onde os frades do Convento dos Frades Menores Franciscanos e os próprios habitantes do distrito de San Rocco foram enterrados, debaixo do chão do templo.
