Het belangrijkste deel van het kapucijnenklooster en de kerk is de crypte eronder, die bovendien de stad Savoca beroemd heeft gemaakt. Het werd in het begin van de 17e eeuw gebouwd onder de kerk en het bijbehorende pleintje. Binnen zijn 37 mummies. De eerste dateert uit 1776, die van de edelman Pietro Salvadore, en de laatste uit 1876, die van Giuseppe Trischitta. Net als in het kapucijnenklooster in Palermo behoren de mummies tot de aristocratie van Savoca, zoals adellijke patriciërs, advocaten, priesters, monniken, abten, artsen, dichters, magistraten en drie kinderen. Als de mummies, aan het einde van het balsemen, in elegante gewaden zijn gehuld, verschijnt er in de nissen en kisten waarin ze liggen, bijna als een foto, een stadje uit het verleden: het Savoca van weleer. Van de 37 mummies staan er 17 in nissen langs één wand van de crypte, de anderen worden bewaard in urnen en kisten, eveneens in de kelder. Er is ook een altaar, waarschijnlijk voor de viering van kiesrechtmissen. Het duurde ongeveer zestig dagen om een mummie te "produceren" en het mummificatieproces was vergelijkbaar in bijna heel Sicilië. Het was een methode die bekend staat als natuurlijk drogen. Het lijk onderging eerst een tweedaags bad in een verdunning van zout en azijn. Nadat de ingewanden waren uitgelekt, werden ze naar de crypte gebracht, waar een "natuurlijke" droging plaatsvond dankzij de luchtstromen in de omgeving. Zodra de mummie was verkregen, werd zij in haar kleding gestoken en plechtig tentoongesteld in de crypte.
Dat mummificatie in de mode was in het 19e-eeuwse Sicilië blijkt uit de aanwezigheid in Savoca zelf (en in de rest van Sicilië, zoals we zullen zien) van andere grafkelders en andere mummies, zoals in de moederkerk van Santa Maria in Cielo Assunta, gebouwd in 1130 en nu een Italiaans nationaal monument, waarin andere lijken worden bewaard van de notabelen van de stad. In 1998 werd tijdens de restauratie van de kerk van de Onbevlekte Ontvangenis, die in verval was geraakt (om gebruikt te worden als gemeentelijk filharmonisch centrum), onder de vloer van de tempel de oude crypte ontdekt waarin de broeders van het Minderbroedersklooster en de bewoners van de wijk San Rocco zelf begraven lagen.