Najvažniji dio samostana i crkve kapucina je temeljna kripta, koja je, osim toga, proslavila grad Savoca. Sagrađena je ispod crkve i prednjeg trga početkom 17. stoljeća. Unutra se nalazi 37 mumija. Prvi datira iz 1776. godine, djelo plemenitog Pietra Salvadorea, a posljednji iz 1876. godine, djelo Giuseppea Trischitte. Što se tiče kapucinskog samostana u Palermu, mumije pripadaju aristokraciji Savoca, kao što su, primjerice, plemićki patriciji, odvjetnici, svećenici, redovnici, opati, liječnici, pjesnici, suci i troje djece. Budući da su mumije, na kraju procesa balzamiranja, bile odjevene u elegantnu odjeću, u nišama i lijesovima u kojima se nalaze, pojavljuje nam se malo staro selo, gotovo kao na fotografiji: Savoca nekada davno.Od 37 mumija, 17 ih je izloženo uz zid kripte, u nišama, ostale se čuvaju u urnama i lijesovima, također u podrumu. Tu je i oltar, vjerojatno za slavljenje sufragijskih misa.Za "proizvodnju" mumije bilo je potrebno šezdesetak dana, a proces mumificiranja bio je sličan na gotovo cijeloj Siciliji. Bila je to metoda koja se zvala prirodno sušenje. U početku je tijelo podvrgnuto dvodnevnom kupanju u razrijeđenoj soli i octa. Nakon što se čekalo da se utroba ocijedi, odneseno je u kriptu, gdje je došlo do "prirodnog" sušenja, zahvaljujući zračnim strujanjima tipičnim za okoliš. Nakon što je mumija dobivena, obučena je u svoju odjeću i svečano izložena unutar kripte.Da je mumificiranje postalo svojevrsna moda u sicilijanskom devetnaestom stoljeću, pokazuje prisutnost u samoj Savoci (i u ostatku Sicilije, kao što ćemo vidjeti) drugih kripti i drugih mumija, poput Majke crkve Santa Maria u Cielo Assunta, sagrađen 1130. godine i danas talijanski nacionalni spomenik, unutar kojeg se čuvaju tijela drugih uglednika grada.Godine 1998., tijekom restauratorskih radova crkve Bezgrešnog začeća koja je propala (da bi se koristila kao općinski filharmonijski centar), pronađena je drevna kripta ispod poda hrama, gdje su braća samostana fratara. Manje su pokapani franjevci i sami stanovnici četvrti San Rocco.