Najvažniji dio samostana i crkve kapucina je kripta koja se nalazi ispod, koja je, osim toga, proslavila grad Savocu. Sagrađena je ispod crkve i prednjeg trga početkom 1600-ih godina. Unutra se nalazi 37 mumija. Prvi datira iz 1776. godine, od strane plemenitog Pietra Salvadorea, a posljednji iz 1876. godine, Giuseppea Trischitte. Što se tiče kapucinskog samostana u Palermu, mumije pripadaju aristokratiji Savoke, kao što su, na primjer, plemeniti patriciji, advokati, svećenici, monasi, igumani, doktori, pjesnici, magistrati i troje djece. Budući da su mumije, na kraju procesa balzamiranja, obučene u elegantnu odjeću, u nišama i kovčezima u kojima se nalaze, čini nam se malo staro selo, gotovo kao fotografija: Savoča nekad davno.Od 37 mumija, 17 je izloženo uz zid kripte, koje se nalaze u nišama, ostale se čuvaju u urnama i kovčezima, također u podrumu. Tu je i oltar, vjerovatno za slavljenje biračkih misa.Bilo je potrebno oko šezdeset dana da se "proizvede" mumija, a proces mumifikacije bio je sličan na gotovo cijeloj Siciliji. To je bila metoda koja se zove prirodno sušenje. U početku je tijelo podvrgnuto dvodnevnom kupanju u razblaženju soli i sirćeta. Nakon čekanja da se crijeva isprazne, odnešen je u kriptu, gdje je došlo do "prirodnog" sušenja, zahvaljujući strujanjima zraka tipičnim za okolinu. Kada je mumija dobijena, obučena je u svoju odjeću i svečano izložena u kripti.Da je mumifikacija postala svojevrsna moda u sicilijanskom devetnaestom veku, pokazuje prisustvo u samoj Savoci (i u ostatku Sicilije, kao što ćemo videti) drugih kripti i drugih mumija, kao što je matična crkva Santa Maria. u Cielo Assunta, sagrađena 1130. godine i danas talijanski nacionalni spomenik, unutar kojeg se čuvaju ostala tijela uglednika grada.1998. godine, tokom restauratorskih radova propale crkve Bezgrešnog začeća (koja će se koristiti kao gradska filharmonija), ispod poda hrama pronađena je drevna kripta u kojoj su se nalazili fratri samostana sv. Manja braća pokopani su franjevci i sami stanovnici okruga San Rocco.
