Najważniejszą częścią klasztoru i kościoła kapucynów jest znajdująca się poniżej krypta, która zresztą rozsławiła miasto Savoca. Zbudowano go pod kościołem i wychodzącym na niego małym placem na początku XVII wieku. W środku znajduje się 37 mumii. Pierwsza pochodzi z 1776 roku, od szlachcica Pietro Salvadore, a ostatnia z 1876 roku, od Giuseppe Trischitta. Podobnie jak w klasztorze kapucynów w Palermo, mumie należą do arystokracji sabaudzkiej, m.in. szlachetnych patrycjuszy, prawników, księży, mnichów, opatów, lekarzy, poetów, sędziów i trójki dzieci. Gdy mumie, po zakończeniu procesu balsamowania, zostały odziane w eleganckie szaty, w niszach i trumnach, które je zawierają, pojawia się, niemal jak na fotografii, małe miasteczko z przeszłości: Savoca sprzed lat. Z 37 mumii 17 jest wystawionych wzdłuż jednej ściany krypty, zawartych w niszach, pozostałe są przechowywane w urnach i trumnach, również w podziemiach. Jest też ołtarz, prawdopodobnie do odprawiania mszy sufraganów. Na "wyprodukowanie" mumii potrzeba było około sześćdziesięciu dni, a proces mumifikacji był podobny na prawie całej Sycylii. Była to metoda znana jako suszenie naturalne. Zwłoki początkowo poddano dwudniowej kąpieli w rozcieńczeniu soli i octu. Po odczekaniu na odsączenie trzewi przenoszono je do krypty, gdzie dzięki prądom powietrza w otoczeniu następowało "naturalne" suszenie. Po pozyskaniu mumii, ubrano ją w jej szaty i uroczyście wystawiono wewnątrz krypty.
O tym, że mumifikacja stała się modna na XIX-wiecznej Sycylii, świadczy obecność w samej Savoce (i w całej Sycylii, jak zobaczymy) innych krypt i innych mumii, jak na przykład w kościele macierzystym Santa Maria in Cielo Assunta, zbudowanym w 1130 r. i będącym obecnie włoskim zabytkiem narodowym, w którego wnętrzu zachowały się inne zwłoki znanych osobistości miasta. W 1998 roku, podczas prac konserwatorskich przy popadającym w ruinę kościele Niepokalanego Poczęcia (z przeznaczeniem na miejską filharmonię), pod posadzką świątyni odkryto starożytną kryptę, w której pochowani byli bracia z klasztoru franciszkanów i sami mieszkańcy dzielnicy San Rocco.
