La part més important del Convent i de l'Església dels Caputxins és la cripta subjacent, que, a més, ha fet famosa la vila de Savoca. Va ser construït sota l'Església i la plaça de parament a principis del 1600. A l'interior hi ha 37 mòmies. La primera data de 1776, del noble Pietro Salvadore, i la darrera de 1876, la de Giuseppe Trischitta. Pel que fa al Convent dels Caputxins de Palerm, les mòmies pertanyen a l'aristocràcia de Savoca, com són, per exemple, nobles patricis, advocats, sacerdots, monjos, abats, metges, poetes, magistrats i tres fills. Com que les mòmies, al final del procés d'embalsamament, anaven vestides amb vestits elegants, als nínxols i taüts que les contenen, ens apareix, quasi com una foto, un petit poble d'època: la Savoca d'una vegada.De les 37 mòmies, 17 estan exposades al llarg d'un mur de la cripta, contingudes en nínxols, les altres es guarden en urnes i taüts, també al soterrani. També hi ha un altar, probablement per a la celebració de misses sufragials.Van trigar uns seixanta dies a "produir" una mòmia i el procés de momificació va ser similar a gairebé tota Sicília. Era un mètode anomenat assecat natural. Inicialment, el cos es va sotmetre a un bany de dos dies en una dilució de sal i vinagre. Després d'esperar que les entranyes s'escorreguessin, es portava a la cripta, on es feia l'assecat "natural", gràcies als corrents d'aire propis de l'entorn. Un cop obtinguda la mòmia, es vestia amb la seva roba i es mostrava solemnement a l'interior de la cripta.Que la momificació s'havia convertit en una mena de moda al segle XIX sicilià queda demostrada per la presència a la mateixa Savoca (i a la resta de Sicília, com veurem) d'altres criptes i altres mòmies, com a l'església mare de Santa Maria. a Cielo Assunta, construït l'any 1130 i avui monument nacional italià, dins del qual es guarden altres cossos de notables de la vila.L'any 1998, durant les obres de restauració de l'església de la Immaculada Concepció que va caure en ruïnes (per ser utilitzada com a centre filharmònic municipal), es va trobar l'antiga cripta sota el terra del temple, on es trobaven els frares del Convent dels Frares. Menors van ser enterrats els franciscans i els mateixos habitants del barri de San Rocco.