Najpomembnejši del kapucinskega samostana in cerkve je kripta pod njo, ki je poleg tega proslavila mesto Savoca. Zgrajena je bila v začetku 17. stoletja pod cerkvijo in majhnim trgom. V notranjosti je 37 mumij. Prva je bila zgrajena leta 1776 in je pripadala plemiču Pietru Salvadorju, zadnja pa leta 1876 in je pripadala Giuseppeju Trischitti. Tako kot v kapucinskem samostanu v Palermu so tudi tu mumije pripadale savojski aristokraciji, kot so plemeniti patriciji, odvetniki, duhovniki, menihi, opati, zdravniki, pesniki, sodniki in trije otroci. Ko so bile mumije ob koncu balzamiranja oblečene v elegantna oblačila, se v nišah in krstah, v katerih so bile shranjene, skoraj kot na fotografiji prikaže mestece iz preteklosti: Savoca iz preteklih let. Od 37 mumij jih je 17 razstavljenih ob eni steni kripte v nišah, druge so shranjene v urnah in krstah, prav tako v kleti. Tu je tudi oltar, ki je bil verjetno namenjen obhajanju volilnih maš. Za "izdelavo" mumije je bilo potrebnih približno šestdeset dni, postopek mumifikacije pa je bil podoben na skoraj vsej Siciliji. To je bila metoda, znana kot naravno sušenje. Truplo so najprej dva dni kopali v raztopini soli in kisa. Ko so počakali, da se drobovje odcedi, so ga prenesli v kripto, kjer se je zaradi zračnih tokov v okolju "naravno" sušilo. Ko so mumijo dobili, so jo oblekli v njena oblačila in jo slovesno razstavili v kripti.
Da je mumificiranje v 19. stoletju na Siciliji postalo nekakšna moda, dokazujejo tudi druge grobnice in druge mumije v mestu Savoca (in tudi drugod po Siciliji, kot bomo videli), na primer v matični cerkvi Santa Maria in Cielo Assunta, zgrajeni leta 1130, ki je danes italijanski nacionalni spomenik in v kateri so shranjena druga trupla pomembnih osebnosti mesta. Leta 1998 so med obnovitvenimi deli v cerkvi Brezmadežnega spočetja, ki je propadala (za potrebe občinskega filharmoničnega centra), pod tlemi templja odkrili starodavno kripto, v kateri so bili pokopani bratje iz samostana manjših frančiškanov in sami prebivalci četrti San Rocco.