Den vigtigste del af kapucinerklosteret og kirken er krypten nedenunder, som i øvrigt har gjort byen Savoca berømt. Den blev bygget under kirken og den lille plads, der ligger ved siden af, i begyndelsen af det 17. århundrede. Indeni er der 37 mumier. Det første stammer fra 1776, nemlig fra adelsmanden Pietro Salvadore, og det sidste fra 1876, nemlig fra Giuseppe Trischitta. Ligesom i kapucinerklosteret i Palermo tilhører mumierne Savoca-aristokratiet, såsom adelige patricier, advokater, præster, munke, abbeder, læger, digtere, dommere og tre børn. Da mumierne efter endt balsameringsproces blev iklædt elegante gevandter i de nicher og kister, som de ligger i, fremstår der næsten som et fotografi en lille by fra fortiden: Savoca fra før i tiden. Af de 37 mumier er 17 udstillet langs den ene væg i krypten i nicher, mens de andre er opbevaret i urner og kister, også i kælderen. Der er også et alter, sandsynligvis til fejring af valgretsmesser. Det tog omkring 60 dage at "producere" en mumie, og mumificeringsprocessen var ens i næsten hele Sicilien. Det var en metode, der var kendt som naturlig tørring. Liget blev først badet i to dage i en fortynding af salt og eddike. Efter at have ventet på, at indvoldene blev drænet, blev de bragt til krypten, hvor de "naturligt" tørrede takket være luftstrømmene i omgivelserne. Da mumien var fundet, blev den klædt på og højtideligt udstillet i krypten.
At mumificering var blevet noget af en mode på Sicilien i det 19. århundrede, fremgår af tilstedeværelsen i Savoca selv (og i resten af Sicilien, som vi skal se) af andre krypter og andre mumier, som f.eks. i moderkirken Santa Maria in Cielo Assunta, der blev bygget i 1130 og nu er et italiensk nationalmonument, hvor der er bevaret andre lig af byens notabiliteter. I 1998, under restaureringen af kirken Den ubesmittede undfangelse, som var forfaldet (og som skulle bruges som kommunalt filharmonisk center), opdagede man under gulvet i kirken den gamle krypt, hvor brødrene fra franciskanerklosteret og indbyggerne i San Rocco-kvarteret selv blev begravet.
