Der wichtigste Teil des Kapuzinerklosters und der Kirche ist die darunter liegende Krypta, die die Stadt Savoca berühmt gemacht hat. Es wurde Anfang des 17. Jahrhunderts unterhalb der Kirche und des darüber liegenden kleinen Platzes errichtet. Im Inneren befinden sich 37 Mumien. Die erste stammt aus dem Jahr 1776, die des Adligen Pietro Salvadore, die letzte aus dem Jahr 1876, die von Giuseppe Trischitta. Wie im Kapuzinerkloster in Palermo gehören die Mumien der Aristokratie von Savoyen an, darunter adlige Patrizier, Anwälte, Priester, Mönche, Äbte, Ärzte, Dichter, Richter und drei Kinder. Wenn die Mumien nach der Einbalsamierung in elegante Gewänder gehüllt sind, erscheint in den Nischen und Särgen, in denen sie aufbewahrt werden, fast wie auf einem Foto eine kleine Stadt aus der Vergangenheit: das Savoca von einst. Von den 37 Mumien sind 17 an einer Wand der Krypta in Nischen ausgestellt, die anderen werden in Urnen und Särgen aufbewahrt, die sich ebenfalls im Untergeschoss befinden. Es gibt auch einen Altar, wahrscheinlich für die Feier von Wahlmessen. Es dauerte etwa sechzig Tage, um eine Mumie "herzustellen", und der Mumifizierungsprozess war in fast ganz Sizilien ähnlich. Es handelte sich um eine Methode, die als natürliche Trocknung bekannt ist. Die Leiche wurde zunächst zwei Tage lang in einer Verdünnung aus Salz und Essig gebadet. Nachdem man gewartet hatte, bis die Eingeweide abgetropft waren, wurden sie in die Krypta gebracht, wo sie dank der Luftströmungen in der Umgebung "natürlich" trockneten. Sobald die Mumie gefunden war, wurde sie in ihre Kleidung gekleidet und feierlich in der Krypta ausgestellt.
Dass die Mumifizierung im Sizilien des 19. Jahrhunderts zu einer Art Modeerscheinung geworden war, beweist das Vorhandensein weiterer Krypten und Mumien in Savoca selbst (und im übrigen Sizilien, wie wir noch sehen werden), wie z. B. in der Mutterkirche Santa Maria in Cielo Assunta, die 1130 erbaut wurde und heute ein italienisches Nationaldenkmal ist, und in der weitere Leichname berühmter Persönlichkeiten der Stadt aufbewahrt werden. 1998 wurde bei der Restaurierung der baufälligen Kirche der Unbefleckten Empfängnis (die als städtisches philharmonisches Zentrum genutzt werden soll) unter dem Fußboden des Gotteshauses die antike Krypta entdeckt, in der die Mönche des Franziskanerklosters und die Bewohner des Viertels San Rocco begraben waren.
