Die Kapelle hat eine sehr einfache architektonische Struktur: Sie besteht aus einem einzigen Schiff, das von einem Tonnengewölbe bedeckt ist, und einer kleinen Apsis, die von einem Kreuzgewölbe bedeckt ist. Das von Giotto in diesen Raum eingefügte ikonografische Programm basiert im Wesentlichen auf Geschichten aus dem Leben der Jungfrau und Christi. Auf der Gegenfassade (der Innenwand, an der sich das Eingangsportal öffnet) ist traditionell das Jüngste Gericht abgebildet. Die Geschichten, die in 39 Szenen unterteilt sind, sind in drei sich überschneidenden Bändern angeordnet. Ein viertes Band, auf der untersten Ebene, enthält allegorische Darstellungen der Laster und Tugenden.
Der Freskenzyklus in Padua folgt chronologisch auf die Fresken in der Oberen Basilika von Assisi, und die Beziehung zwischen den beiden Zyklen ist einer der umstrittensten Punkte in der gesamten Geschichte der italienischen Kunst. In der Tat sind die stilistischen Brüche zwischen den beiden Zyklen unübersehbar. Diskontinuitäten, die gerechtfertigt sind, wenn man davon ausgeht, dass sich die beiden Zyklen auf zwei unterschiedliche Künstlerpersönlichkeiten beziehen, während sie weniger gerechtfertigt sind, wenn die beiden Zyklen von demselben Künstler stammen. Dies ist einer der Gründe, warum der obere Zyklus in Assisi vielleicht nicht Giotto zugeschrieben werden kann, obwohl seine Anwesenheit am Standort Assisi nicht ausgeschlossen werden kann. In der Praxis erlaubte Giottos Anwesenheit auf der Baustelle in Assisi und dann auf der römischen Baustelle um 1298-1300, die Beherrschung der Dreidimensionalität zu erlangen, die sich in den Fresken von Padua mit großer Kraft, aber auch mit einer gewissen Unsicherheit zeigt. In der Praxis verändert sich das Verhältnis zwischen Figuren und Raum zwischen den beiden Freskenzyklen entscheidend. In den Fresken von Assisi ist der Raum präzise gegliedert, vor allem durch die Definition der Ebenen, in denen die Figuren liegen. Auch architektonische Elemente fließen in die Darstellungen ein, indem sie den Raum in angemessener Weise abtasten: In der Praxis hat jede Figur ihren eigenen angemessenen Raum sowohl im visuellen Raum der Darstellung als auch im hypothetischen realen Raum, von dem die Konstruktion des Bildes ausgeht. In den Fresken von Padua ist das Verhältnis zwischen Figuren und Raum nicht immer überzeugend gelöst. Und hier bemerkt man die Unsicherheit Giottos, die keine Weiterentwicklung, sondern einen Rückschritt gegenüber den Fresken von Assisi darstellt. Besonders deutlich wird dies bei einigen Fresken wie der Geburt der Jungfrau, bei denen deutlich wird, dass der Innenraum der Wohnung keineswegs dem Volumen des Hauses entsprechen kann. Die nach außen blickende Frau bleibt eingezwängt zwischen dem Raum des Bettes und dem der Wand, in die sich die Tür öffnet: Der Konstruktion fehlt eindeutig der "Raum".
Im Übrigen gibt es viele stilistische Ähnlichkeiten zwischen der Scrovegni-Kapelle und den Fresken in der Oberen Basilika von Assisi. Umso mehr spricht alles dafür, dass Giottos Sprache in Assisi entstanden ist, in Kontakt mit der römischen Schule, der die Fresken des heiligen Franziskus wahrscheinlich zuzuschreiben sind.
Der Stil Giottos, der in Padua bereits in vollendeter Weise organisiert ist, ist jedoch durch andere Komponenten gekennzeichnet, die sicherlich das Ergebnis des individuellen Weges des florentinischen Meisters sind. Vor allem in den Fresken von Padua ist eine größere Schwere der Körper zu erkennen. In der Praxis sind die Volumina dank des geschickten Einsatzes von Helldunkel, in dem Giotto zweifellos der absolute Meister ist, viel runder. Aber das ist noch nicht alles. Die Figuren haben wirklich "Gewicht", in dem Sinne, dass sie nicht in der Luft zu schweben scheinen, sondern tatsächlich auf einer plausiblen Unterlage (Boden, Erde oder anderes) ruhen. In den Fresken von Padua kann man auch eine für die damalige Kunstlandschaft völlig neue Forschung beobachten: die Darstellung von Verkürzungen. In der mittelalterlichen Malerei und insbesondere in der byzantinischen Malerei sind die Gesichter immer frontal oder in teilweiser Dreiviertel-Vorderansicht dargestellt. In den Fresken von Assisi, wie auch in anderen Beispielen der italienischen Malerei dieser Zeit, ist der Wunsch der Maler zu erkennen, sich von dieser Frontalverpflichtung zu lösen, und die Figuren und Gesichter werden auch im Profil oder aus verschiedenen Blickwinkeln dargestellt. Giotto geht noch weiter. Er beschränkt sich nicht auf das Profil, sondern neigt die Gesichter, indem er sie zum ersten Mal von unten nach oben darstellt. Dies ist zum Beispiel an den Köpfen der schlafenden römischen Soldaten am Grab Christi zu erkennen. Dies ist das erste Mal, dass dies geschieht, und nimmt eine Technik vorweg, die im Zeitalter der Renaissance großen Erfolg haben wird. In der Praxis zeigt Giotto in den Fresken von Padua große Meisterschaft in der Konstruktion und Darstellung der menschlichen Figur, nicht so sehr in der Konstruktion des Raumes. Und dies trotz der großen Virtuosität der "coretti": das erste Trompe-l'oeil der westlichen Malerei. In diesen beiden Tafeln simuliert Giotto einen Raum, der nicht vorhanden ist, und schafft so die Illusion eines Durchbruchs durch die Ebene des Freskos, der absolut außergewöhnlich ist. Aber der Trick gelingt, weil die Darstellung keine Figuren enthält, was zeigt, dass das Problem, das wir in der gotischen Malerei des 14. und 15. Jahrhunderts immer wieder sehen werden, gerade darin besteht, die Figuren und den architektonischen oder natürlichen Raum, in dem die Figuren agieren, in einen einzigen Bildraum zu integrieren.
An der Fassadenwand malte Giotto ein grandioses Jüngstes Gericht, bei dem die Helfer wahrscheinlich massiv eingreifen. Die Komposition des Bildes entspricht der Tradition, aber ein Detail ist auch hier einzigartig: unten ist Enrico Scrovegni zu sehen, der die Kapelle der Kirche schenkt. Der Ausschnitt ist als Sujet nicht neu, denn er findet sich auch in anderen Werken, vor allem in illuminierten, aus der Romanik und Gotik; neu ist, dass es sich nicht um einen Herrscher oder einen Papst handelt, sondern um einen Bürgerlichen. Zu Beginn des 14. Jahrhunderts wird deutlich, wie sehr sich die Zeiten auch in sozialer Hinsicht geändert haben: Die Kunst ist nicht mehr nur Ausdruck der königlichen oder religiösen Macht, sondern auch der wirtschaftlichen Macht der neuen Industrie- und Handelsklassen, die sich im Umfeld der neuen städtischen Realitäten der Zeit herausbildeten. (Morante)