De Sint-Martinuskathedraal in Eisenstadt werd voor het eerst genoemd in 1264. Vanuit deze kapel zijn er nog resten van een Romaanse stichting in het gebied van het huidige koor. In de 13e eeuw werd de kapel uitgebreid met een vroeggotisch koor. In de 14e eeuw werd een kapel voor leken toegevoegd. In 1460 werd de kerk herbouwd onder de stadskapitein Johann Siebenhirter als een versterkte of defensieve kerk, zoals een aanval door de Turken werd verwacht na de val van Constantinopel in 1453. Het gotische gebouw werd voltooid in 1522. Na de grote brand van 1589 ging bijna 30 jaar voorbij voordat de bouw van de zwaar beschadigde kerk plaatsvond, tussen 1610 en 1629.
In 1777 werd een groot altaarstuk van Stefan Dorffmeister toegevoegd, dat 'de Transfiguratie van Sint Maarten' beeldt. In het jaar daarop installeerde de Weense orgelbouwer Malleck een orgel volgens instructies van Joseph Haydn.
Na de oprichting van het bisdom Eisenstadt werd de Sint-Martinuskerk in 1960 tot Kathedraal verheven. Sint Maarten werd de patroonheilige van het bisdom en het Land. Onder bisschop Stephan László in 1960 werden het interieur en de ramen vernieuwd.
De kathedraal is beroemd om zijn kerkmuziek. Hier vinden ook concerten van het jaarlijkse Haydn Festival plaats. In 2002/2003 werd de kathedraal opnieuw gerenoveerd, het interieur werd gerenoveerd. De moderne meubels zijn ontworpen door de kunstenaar Brigitte Kowanz.
