Pôvod Kostomarovského Spasského kláštora nie je presne známy, ale predpokladá sa, že ho ako kláštor založili v 17. storočí mnísi z Ukrajiny, ktorí sa tu usadili spolu s kozákmi. Je však možné, že kláštor je v skutočnosti oveľa starší a existuje dokonca teória, že pochádza z čias, keď sa do Ruska prvýkrát dostalo kresťanstvo.
Prvá skutočná písomná zmienka o kláštore pochádza z konca 18. storočia, keď sa spomína ako sketa Belogorského Voskresenského kláštora. Po revolúcii bol kláštor zatvorený, hoci niektorí mnísi tu tajne zostali. Jedným z takýchto mníchov bol starec Pjotr, ktorý bol po odhalení koncom 30. rokov 19. storočia uväznený a neskôr údajne vo väzení zomrel. Počas druhej svetovej vojny sa bývalý kláštor nachádzal na okupovanom území a niektorí miestni obyvatelia sa vraj skrývali v jaskyniach. Krátko po vojne bolo Spasiteľskému chrámu povolené obnovenie prevádzky, ale v roku 1959 bol opäť zatvorený v rámci protináboženskej politiky Chruščova. V roku 1997 bolo územie vrátené pravoslávnej cirkvi a znovu otvorené, ale skôr ako kláštor.
