Původ Kostomarovského spasského kláštera není s jistotou znám, ale předpokládá se, že byl založen jako klášter v 17. století mnichy z Ukrajiny, kteří se zde usadili spolu s kozáky. Je však možné, že klášter je ve skutečnosti mnohem starší, a existuje dokonce teorie, že pochází z doby, kdy se do Ruska poprvé dostávalo křesťanství.
První skutečná písemná zmínka o klášteře pochází z konce 18. století, kdy je zmiňován jako sketa Bělogorského Voskresenského kláštera. Po revoluci byl klášter uzavřen, i když někteří mniši zde tajně zůstali. Jedním z takových mnichů byl stařec Pjotr, který byl po odhalení na konci 30. let 20. století uvězněn a později prý ve vězení zemřel. Za druhé světové války se bývalý klášter nacházel na okupovaném území a někteří místní lidé se prý v jeskyních ukrývali. Po válce bylo krátce povoleno chrám Spasitele znovu otevřít, ale v roce 1959 byl za Chruščovovy protináboženské politiky opět uzavřen. V roce 1997 bylo území vráceno pravoslavné církvi a znovu otevřeno, ale spíše jako klášter než jako monastýr.
