Kostomarovsky Spassky Manastırı'nın kökeni kesin olarak bilinmemekle birlikte, 17. yüzyılda Kazaklarla birlikte buraya yerleşen Ukraynalı rahipler tarafından bir manastır olarak kurulduğuna inanılmaktadır. Yine de manastırın aslında çok daha eski olması mümkündür ve hatta Hristiyanlığın Rusya'ya ilk girdiği zamanlara dayandığına dair bir teori bile vardır.
Manastıra dair ilk yazılı kanıt, Belogorsky Voskresensky Manastırı'nın bir sketesi olarak bahsedildiği 18. yüzyılın sonlarına aittir. Devrimden sonra manastır kapatılmış olsa da bazı keşişler gizlice burada kalmaya devam etmiştir. Bu keşişlerden biri olan yaşlı Pyotr, 1930'ların sonunda keşfedildiğinde hapsedilmiş ve daha sonra hapishanede öldüğü söylenmiştir. İkinci Dünya Savaşı sırasında eski manastır işgal altındaki topraklarda bulunuyordu ve bazı yerel halkın mağaralarda saklandığı söylenmektedir. Savaştan kısa bir süre sonra Kurtarıcı Katedrali'nin yeniden açılmasına izin verilmiş, ancak 1959'da Khruschev'in din karşıtı politikaları nedeniyle bir kez daha kapatılmıştır. Bölge 1997 yılında Ortodoks Kilisesi'ne iade edilmiş ve manastırdan ziyade bir manastır olarak yeniden açılmıştır.
