Günümüzde Brno Şehir Müzesi, ülkenin en iyi müzeleri arasında yer almaktadır ve şehrin tarihi, ikonik binalarının birçoğunda yer almaktadır: Špilberk Kalesi, Měnínská brána (Měnín Kapısı) ve Villa Tugendhat. Špilberk, müzenin yönetimine, kütüphanelerine, fotoğraf arşivine ve uzman çalışanlarının çoğuna ev sahipliği yaptığı için merkezi bir yerdir. Kale binaları, esas olarak Brno tarihi ve kültürü ile ilgili diğer sergilerin yanı sıra kalıcı sergiler için bir depo ve yer olarak hizmet vermektedir. Brno Şehir Müzesi, UNESCO Dünya Mirası listesinde yer alan modern mimarinin önemli bir örneği olan Villa Tugendhat'ı da yönetmektedir.