Mūsdienās Brno pilsētas muzejs ierindojas starp top muzejiem valstī un ir izvietots vairākās pilsētas vēsturiskajās, ikoniskajās ēkās: Špilberkas pilī, Měnínská brána (měnín vārti) un Villa Tugendhat. Špilberk ir centrālā atrašanās vieta, jo tajā atrodas muzeja administrācija, tās bibliotēkas, foto arhīvs un lielākā daļa speciālistu darbinieku. Pils telpas kalpo kā depozitārijs un vieta pastāvīgām izstādēm, kā arī citas izstādes, kas galvenokārt saistītas ar Brno vēsturi un kultūru. Brno pilsētas muzejs pārvalda arī Villa Tugendhat, kas ir nozīmīgs mūsdienu arhitektūras piemērs, kas iekļauts UNESCO Pasaules mantojuma sarakstā.