Šv. Klero kapas buvo suprojektuotas ir ieškomas už porta urbicos, San Giorgio bažnyčioje, kur Pranciškus jau buvo laikinai palaidotas ir kur šventasis buvo palaidotas 1253 m. rugpjūčio 12 d. San Giorgio bažnyčia buvo tik už homoniminių miesto vartų, šiek tiek mažesnė už kelią, kuris, paliekant miestą, vadovavo "versus Ispellum"; kitas kelias pakilo į san Rufino, o trečdalis, išilgai Romos sienos, nusileido link porta Moiano. Todėl vieta buvo vadinama "Tribium S. Georgii". Tarp kelio ir Bažnyčios stovėjo ne taip seniai prie bažnyčios prijungta ligoninė; viskas priklausė nuo Katedros skyriaus.
Nors bažnyčiai-Mauzoliejui, kuris bus pastatytas Šv. Pranciškaus garbei, vieta buvo nustatyta tik praėjus dvejiems metams po jo mirties, už tą, kuris bus skirtas Šv. Klarei, mes iš karto persikėlėme į priešingą miesto dalį, šalia Šv. Jurgio Bažnyčios (Marino Bigaroni, Šv. Klarojaus bazilika Asyžiuje, p. 13). Praėjus trejiems metams po mirties ir vieneriems metams po šv. Klero kanonizacijos, 1257 m. prasidėjo Šv. Klero Bazilikos statyba aplink senovinę Šv. Jurgio bažnyčią, kuri iki 1230 m. saugojo Šv. Pranciškaus mirusiųjų palaikus. Šventojo palaikai buvo perkelti jau 1260 m., o iškilmingas pašventinimas įvyko 1265 m., dalyvaujant Klementui IV. statybos darbus atliko architektas Filippo Da Campello. Kripta, kurioje dabar yra šventojo kapas, buvo pastatyta tik 1850 metais.
