Den dag i dag er en del af kirkens dobbelttårn og et firkantet præsteri bevaret. St. Mary ' s blev nævnt for første gang i skriftlige dokumenter i 1296. I slutningen af det 15.århundrede blev kirkens præstegård udvidet med tre gange, og loftet og det sydlige kapel blev hævet; der er ikke foretaget nogen større arkitektoniske ændringer i bygningens struktur siden.
I 1488 skiftede kirken navn til St. Mary ' s Chapel. I 1535, på tidspunktet for Reformationen, blev kirken drevet af to præster. Som et resultat af en belejring i 1676/77 af styrker, der betjener Brandenburg-familien, blev kirken beskadiget. Det blev med succes genopbygget med støtte fra en lokal hertug. Mellem 1778 og 1849 blev et mindre klokketårn revet ned i kirkens østlige fløj. I 1806 brugte den franske hær kirken til at opbevare hø og halm under Napoleonskrigene. I 1814 blev nye organer indviet, og i 1816 blev den brændte top af tårnet genoprettet. I årene 1849-1852 blev kirkens galleri på første sal sammen med nogle af kirkens ornamenterede banker ødelagt; komponist Karl Lovi stod senere bag genopbygningen af galleriet over gangen og organerne. I 1887 blev toppen af tårnet hævet til næsten 100 meter, og kirken fik et par nye organer. Under indvendig renoveringsarbejde i 1936 blev de gotiske fresker fra anden del af det 14.århundrede opdaget på søjler og loft.
Kirken blev alvorligt beskadiget i 1943 som følge af luftbomber. Alle de værdifulde genstande, der blev anbragt i St. Mary ' s, blev flyttet til Schervingsburg Slot, kun for at blive ødelagt under en brand i 1945. I 1947 blev kirkens tosidede tårn genopbygget. Hovedalteret med et kors fra søsterkirken St. Nicholas' samt to nye klokker blev installeret. I 1957 blev kirken genindviet, og i 1962 blev det restaurerede alter, St. Marys skulptur og Schuke-organerne returneret. I 1971 blev St. Marys eksisterende organer forbundet med et nyt orgel med 5 registre og en ekstra pedal. I 1992 begyndte genopbygningen af kirkens tag, udvendige vægge, lofter, varmesystem, døre og vestry.
