Mikuláše je nejstarší kostel v Berlíně. Oblast kolem kostela je známá jako "Mikulášská čtvrť", a je oblastí obnovených středověkých budov. Kostel byl postaven v letech 1220 až 1230 a je tak spolu s kostelem Panny Marie na Alexanderplatz nedaleko nejstarším kostelem v Berlíně.
Původně Římskokatolický kostel, Kostel svatého Mikuláše se stal luteránským kostelem po protestantské reformaci v braniborském Kurfiřtu v roce 1539. V 17. století byl ministrem tohoto kostela prominentní spisovatel hymny Paul Gerhardt a hudební ředitel byl skladatel Johann Crueger. Prominentní Luteránský teolog probošt Philipp Jacob Spener byl ministrem v letech 1691 až 1705. Mikuláše byl Wilhelm Wessel, jehož syn Horst Wessel se později proslavil jako nacista: rodina žila v nedaleké Jüdenstraße.
V den reformace v roce 1938 sloužila církevní budova svému sboru Naposledy. Poté byla budova, nejstarší stavba v Berlíně, předána vládě, aby mohla být použita jako koncertní sál a církevní muzeum. Počet farníků se zmenšil kvůli stále se zvyšující komercializaci vnitřního města, přičemž obytné prostory byly nahrazeny kancelářemi a obchody. Kongregace se později sloučila s církví Panny Marie.
Během druhé světové války kostel svatého Mikuláše ztratil ohněm vrcholy svých věží a střechy v důsledku spojeneckého bombardování. V roce 1949 se zhroutily všechny klenby a Severní pilíře. Zřícenina byla ve Východním Berlíně a teprve v roce 1981 povolily orgány východoněmecké Demokratické Republiky přestavbu kostela podle starých návrhů a plánů. Kostel svatého Mikuláše, jak je dnes vidět, je z velké části rekonstrukcí. Dnes kostel slouží opět především jako muzeum a příležitostně jako koncertní místo, spravované Stiftung Stadtmuseum Berlin (Landesmuseum für Kultur und Geschichte Berlins). Je proslulý svou akustikou a přestavěný kostel byl vybaven jemnou sadou 41 zvonů.
