Vznik svätyne svätého Michala možno zaradiť medzi koniec 5. a začiatok 6. storočia. Svedčia o tom staroveké písomné pramene: list, ktorý poslal pápež Gelasius I. v rokoch 493/494 Justovi, biskupovi z Larina, ďalší list toho istého pápeža Herculentiovi, biskupovi z Potenzy (492 - 496) a opäť poznámka z Hieronymovho martyrológia pod dátumom 29. septembra.Ale práve Liber de apparitione santi Michaelis in Monte Gargano, napísaný v 8. storočí, precízne a sugestívne rekonštruuje zázračné udalosti, ktoré dali vzniknúť kultu archanjela Michala na Gargane. Spája sa so spomienkami na štyri zjavenia, ktoré sa odohrali v priebehu storočí a ktoré sú rozprávané s mimoriadnou a dojímavou živosťou a svedčia o zázračných udalostiach, ktoré sa tu odohrali.Posvätná jaskyňa je už po stáročia vybraná ako pútnické miesto, miesto modlitby a predovšetkým zmierenia s Bohom. Zjavenia sú v skutočnosti znamením, pozvaním adresovaným človeku, aby sa sklonil pred Božím Majestátom. Počas pätnástich storočí histórie prichádzali kresťania z celého sveta do svätyne v Gargane, "Božieho domu a brány do neba", aby našli pokoj a odpustenie v milujúcom náručí Otca a uctili si archanjela svätého Michala.Keď vstúpime cez románsky portál, ocitneme sa v nebeskej bazilike, na mieste, ktoré si vybral svätý Michal. Z celej atmosféry posvätného miesta vyžaruje temný a tajomný lúč, ktorý sa zhmotňuje v hre svetla a tieňa medzi výklenkami a v trblietavej prítomnosti urny, ktorá uzatvára sochu svätého archanjela Michala s neporovnateľnou expresivitou. Do srdca sa vkráda neprekonateľná túžba odovzdať sa božskému odpusteniu: je to pozvanie archanjela bojovníka, aby sme prekonali svoje slabosti a pokračovali v ceste, silní v odpustení všetkých našich hriechov. Kostol, ktorý nebol vysvätený ľudskou rukou, je jasne rozdelený na dve časti: jednu pri vstupe, postavenú z muriva, nazývanú Anjelská loď, a druhú v prirodzenom stave, jaskyňu, ktorú otvorila sama príroda vo vápencovej skale.Hneď po vstupe nájdeme po pravej strane malý oltár postavený na počesť svätého Františka: pripomína jeho návštevu našej svätyne, ktorú uskutočnil ešte v roku 1216.Ako hovorí príbeh, svätý František, ktorý prišiel na Monte Sant'Angelo, aby si vyslúžil anjelské odpustenie, sa necítil hoden vstúpiť do Grotty, zastavil sa v modlitbe a rozjímaní pri vchode, pobozkal zem a vyryl na kameň znak kríža v tvare "T" (tau). V biblickom jazyku bol znak "T" symbolom spásy. Z tohto príbehu môžeme pochopiť, aký veľký význam pripisoval Chudobný z Assisi tejto jaskyni kvôli osobitnej dôstojnosti svätého miesta a s cieľom spasiť duše. Len pár krokov za oltárom svätého Františka sa pred návštevníkom otvorí jedinečné divadlo: jaskyňa s nepravidelnou skalnou klenbou, ktorá v priebehu storočí privítala milióny pútnikov, miesto, kde toľko hriešnikov našlo odpustenie a pokoj. Veriaci sa tu cíti ako márnotratný syn, ktorý sa vracia do Otcovho domu, vedený a chránený svätým Michalom.Interiér tejto jaskyne, posvätený nie ľudskou rukou, ale samotným svätým Michalom (ako vyhlásil pri jednom zo svojich zjavení), vydáva svojimi rôznymi prvkami svedectvo o stáročných dejinách.Môžeme tu obdivovať nasledujúce diela: V presbytériu: Michala, ochrancu tohto posvätného miesta, dielo Andreu Contucciho známeho aj ako Sansovino (1507), vytesané z bieleho carrarského mramoru, ktoré predstavuje knieža nebeskej milície v postoji bojovníka šliapajúceho po satanovi v podobe netvora, biskupské kreslo (prvá polovica 11. storočia), socha svätého Sebastiána (15. storočie), vedľa presbytéria: (jeden z najstarších oltárov v nebeskej bazilike), vysoký reliéf Najsvätejšej Trojice, socha Panny Márie Konštantínopolskej, basreliéf svätého apoštola a evanjelistu Matúša. V malej jaskyni, nazývanej Pozzetto, sa nachádza kamenné simulakrum svätého Michala z 15. storočia Dutina v Grotte nazývaná Kamenný lom v núdzovom východe. Pokračujeme ďalej, pozorujeme kráľovský trón a dva oltáre s baldachýnmi: Kríža a svätého Petra. KRIŽOVATKYNajvýraznejšou časťou starobylých stavieb svätyne sú krypty. Tieto priestory pochádzajú z longobardského obdobia a na svetlo sveta ich vyniesli vykopávky biskupa Nicolu Quitadama v rokoch 1949 - 1960. Kedysi slúžili ako vstup do Grotty a definitívne boli opustené v 13. storočí, v čase anjelských stavieb. Početné nápisy pozdĺž stien "krýpt", niektoré v runovom písme, svedčia o značnom príleve pútnikov z celej Európy od longobardskej éry.Krypty pozostávajú z dvoch miestností, ktorých konštrukcie museli byť postavené v dvoch fázach bezprostredne po sebe. Niektoré nápisy na stenách identifikované v roku 1974 umožnili datovať stavby medzi koniec 7. a začiatok 8. storočia.Krypty dlhé približne 60 metrov sa tiahnu až pod podlahu baziliky. Prvá časť má podobu portikovej galérie, rozdelenej na osem obdĺžnikových polí. V tomto sugestívnom prostredí sú vystavené rôzne sochy z vykopávok svätyne, bývalého kostola svätého Petra a ruín benediktínskeho opátstva svätej Márie z Pulsana. Všetky tu vystavené exponáty pochádzajú zo 7. až 8. storočia až do 15. storočia. Pri návšteve múzea možno obdivovať niekoľko sôch, ktoré opäť svedčia o slávnej histórii tohto miesta.Keď prejdeme otvorom v opornom múre, ocitneme sa v ďalšej miestnosti pochádzajúcej z longobardského obdobia (so zreteľnými stopami predlongobardských stavieb), rozdelenej na dve veľké lode, vyznačené centrálnym letom troch kruhových oblúkov a ohraničené na severe a juhu rovnako veľkým počtom oblúkov podopretých masívnymi stĺpmi. V lodiach sa nachádzali schodiská: to vpravo so zakriveným priebehom sa zachovalo celé, to vľavo s rovným priebehom bolo zničené počas výstavby. Obe schodiská sa končili na malej plošine, ktorú na východe ohraničovala apsida s kvádrovým oltárom v štvorcových oltároch so stopami početných nápisov. Naľavo od oltára sa našla kamennými doskami chránená freska s názvom Custos Ecclesiae, ktorú možno priradiť do 10. storočia. Zo zvyškov fresiek a početných nápisov na stenách môžeme pochopiť význam svätyne najmä pre Lombardov.Tieto priestory boli definitívne oddelené od Posvätnej jaskyne okolo rokov 1270 - 1275, keď Angevini so svojimi novými stavbami dali svätyni jej súčasnú podobu a obetovali predchádzajúce diela postavené na počesť svätého Michala Archanjela.