Nastanak svetišta San Michele može se smjestiti između kraja 5. i početka 6. stoljeća. O tome svjedoče drevni pisani izvori: pismo koje je papa Gelazije I 493/494. poslao Giustu, biskupu Larina, drugo pismo istog pape Herkulentijusu, biskupu Potenze (492-496) i još jedna bilješka objavljena u Martirologij Hijeronim pod datumom 29. septembra.Ali to je Liber de apparition svetih Michaelis u Monte Garganu, čiji nacrt datira iz osmog veka, koji na precizan i sugestivan način rekonstruiše čudesne činjenice koje su dovele do kulta Arhanđela Mihaila na Garganu. Vezano je za sjećanje na četiri ukazanja koja su se dogodila kroz vijekove, koja se pričaju sa izuzetnom i dirljivom živahnošću i svjedoče o čudesnim događajima koji su se ovdje dogodili.Sveta pećina je stoljećima birana kao odredište za hodočašća, mjesto molitve i prije svega pomirenja sa Bogom, a ukazanja su zapravo znak, poziv čovjeku da se pokloni pred Božanskim Veličanstvom. Preko petnaest vekova istorije, hrišćani iz celog sveta su dolazili u Svetište Gargano, „Božju kuću i nebeska vrata“, da bi pronašli mir i oproštenje u Očevom naručju i da bi odali počast arhanđelu svetom Mihailu.Ulazeći kroz romanički portal, nalazimo se unutar nebeske bazilike, na mjestu koje je izabrao sv. Iz cjelokupne atmosfere svetog mjesta izbija mračna i tajanstvena zraka koja se materijalizira u igri svjetla i sjene između gudura i u blistavoj prisutnosti urne koja okružuje kip sv. Mihaela Arhanđela neuporedive izražajnosti. U srce se uvlači velika želja za prepuštanjem božanskom oproštenju: to je poziv Arhanđela ratnika da prevlada naše slabosti i da nastavimo svoje putovanje, ojačani oproštenjem svih naših grijeha. Crkva, koja nije osvećena ljudskom rukom, jasno je podijeljena na dva dijela: jedan čim uđete, zidana, nazvana anžujski brod i drugi u svom prirodnom stanju, pećina koju je sama priroda otvorila u vapnenačkoj stijeni.Čim uđete, na desnoj strani nalazimo mali oltar, podignut u čast svetog Franje: on podsjeća na njegovu posjetu našem Svetištu, davne 1216. godine.Kako se prenosi, sveti Franjo, stigavši na Monte Sant'Angelo da dobije anđeoski oproštenje, ne osjećajući se dostojnim da uđe u pećinu, zaustavio se u molitvi i sjecanju na ulazu, poljubio zemlju i urezao znak krsta na kamen u obliku slova "T" (tau). U biblijskom jeziku znak "T" je bio simbol spasenja. Iz ove priče možemo shvatiti koliki značaj je Poverello iz Asiza pridavao ovoj pećini za posebno dostojanstvo svetog mjesta i za spas duša. Nakon nekoliko koraka pored oltara svetog Franje, pred posetiocem se otvara jedinstven spektakl te vrste: špilja, sa nepravilnim stenovitim svodom, koja je tokom vekova dočekivala milione hodočasnika, mesto gde su zatekli mnoge grešnike. oprost i mir. Tamo se vjernik osjeća kao izgubljeni sin koji se vraća u Očev dom, vođen i zaštićen od strane Svetog Mihaila.Unutrašnjost ove pećine, osveštana ne ljudskom rukom, već samim Svetim Mihailom (kako je izjavio u jednom od svojih ukazanja), svojim raznim elementima svedoči o viševekovnoj istoriji.Ovdje se možemo diviti sljedećim radovima: u zbornici: statua Sv. Mihaela, zaštitnika ovog svetog mjesta, rad Andrea Contuccija poznatog i kao Sansovino (1507), isklesan u bijelom kararskom mermeru koji predstavlja princa nebeskih milicija, u stavu ratnika koji gazi sotonu pod zemljom maska čudovišta, episkopska stolica (prva polovina 11. vijeka), kip sv. Sebastijana (15. vijek), Pored prezbiterija: oltar Gospe od Neprekidne Pomoći (jedan od najstarijih oltara u Nebeskoj bazilici), visoki reljef SS. trojstvo, statua Bogorodice zvane iz Konstantinopolja, bareljef sv. Mateja apostola i evanđeliste. U maloj pećini, zvanoj del Pozzetto, kameni simulakrum Svetog Mihajla iz stoljeća. XV Šupljina pećine naziva se kamenolom u izlazu u slučaju nužde. U nastavku promatramo kraljevski tron i dva oltara s baldahinom: Raspeća i Svetog Petra. KRIPTENajsugestivniji dio drevnih građevina svetilišta su kripte. Ove sobe datiraju iz lombardskog doba i izašle su na vidjelo nakon iskopavanja koje je promovirao mons. Nicola Quitadamo u godinama 1949-1960. Nekada su služile kao ulaz u pećinu i definitivno su napuštene u 13. veku, u vreme anžujskih gradnji. Brojni natpisi duž zidova "kripti", neki u runskim znakovima, svjedoče o značajnom prilivu hodočasnika iz cijele Evrope od lombardskog doba.Kripte se sastoje od dvije prostorije čije su konstrukcije morale biti građene u dvije faze koje slijede jedna za drugom. Neki zidni natpisi identificirani 1974. godine omogućili su datiranje objekata između kraja 7. i početka 8. stoljeća.Kripte, duge oko 60 metara, prostiru se sve do poda bazilike. Prvi dio ima oblik trijemske galerije, podijeljene na osam pravokutnih uvala. U ovom evokativnom ambijentu izložene su različite skulpture iz iskopavanja svetišta, iz nekadašnje crkve Sv. Pietra i iz ruševina benediktinske opatije S. Maria di Pulsano. Svi nalazi koji su ovdje izloženi mogu se datirati od 7. do 8. stoljeća do 15. stoljeća. Obilazeći muzej možete se diviti nekoliko skulptura koje još jednom svjedoče o slavnoj istoriji ovog mjesta.Prolazeći kroz otvor iskopan u potpornom zidu, nalazimo se u drugoj prostoriji iz Longobardskog doba, (sa evidentnim tragovima predlombardske gradnje) podijeljenoj na dva velika broda, obilježenim središnjim letvom od tri okrugla luka, i omeđenom na sjeveru i jugu isto toliko lukova oslonjenih na masivne stupove. Prohode su zauzimale stepenice: desno, krivudavog trenda, potpuno je očuvano na svom putu; onaj sa leve strane, koji ide pravo, uništen je tokom radova. Dva stubišta su završavala na maloj tezgi, sa istočne strane omeđenom apsidom, sa blokovskim oltarom u četvrtastom kamenu, sa tragovima brojnih natpisa. Lijevo od oltara, zaštićena kamenim pločama, pronađena je freska Custos Ecclesiae koja se može pripisati 10. st. Iz ostataka fresaka i brojnih zidnih natpisa možemo shvatiti značaj svetišta. , posebno za Langobarde.Ovi ambijenti su definitivno odvojeni od Svete pećine oko 1270.-1275. godine, kada su Anžuvci, sa novim zgradama, dali Svetištu sadašnju strukturu, žrtvujući prijašnja dela podignuta u čast San Michele Arcangelo.