Atpūta Maltas galvaspilsētā nav pilnīga bez Svētā Jāņa katedrāles Maltā apmeklējuma. Šo projektu 1572. gadā pasūtīja lielmestrs Žans de la Kasjērs, lai kalpotu kā Svētā Jāņa bruņinieku ordeņa baznīca, un to projektēja maltiešu arhitekts Gerolamo Kasārs. Darbu pabeidza 1577. gadā, un tas bija veltīts Svētajam Jānim Kristītājam, vienam no diviem ordeņa patroniem. Jāņa katedrāle Valletā parāda kristietības nozīmi Maltas valstī. No ārpuses šī 16. gadsimta katedrāle var nešķist nekas īpašs, taču, ielūkojoties tās iekšienē, jūs gaida īsts pārsteigums. Katedrāle tika atjaunota 17. gadsimtā, un tai ir bagātīgs baroka stilā veidots dekors. Papildus bagātīgajai baroka mākslai un relikvijām Ko katedrālē ir arī iespaidīgas baroka laika freskas, greznas marmora grīdas, trīsdimensiju statujas, cirstās akmens sienas un elpu aizraujoši velvju griesti, ko rotājis pazīstamais itāļu baroka mākslinieks Matija Preti. Ko-katedrālē atrodas arī viens no starptautiski atzītākajiem Mikelandželo Merizi da Karavadžo darbiem, kas pazīstams kā "Svētā Jāņa Kristītāja galvas nociršana" (1608). Šī glezna, kas atrodas oratorijā, ir lielākais Karavadžo mākslas darbs un vienīgais, uz kura ir viņa paraksts. Katru gada dienu apmeklētāji dodas uz katedrāli, lai aplūkotu slaveno mākslas darbu, un daudzi atgriežas katedrālē katru reizi, kad uzturas salā. Pati katedrāle sastāv no deviņām izteiksmīgi rotātām kapelām abās pusēs; astoņas no tām tika uzbūvētas katrai Svētā Jāņa ordeņa bruņinieku valodai, bet devītā ir veltīta viņu patronesei, otrajai ordeņa patronesei - Filermosa Dievmātei. Pēdējā kapelā atrodas arī sena Filermosa dāmas ikona, ko bruņinieki uzskatīja par svētu priekšmetu. Svētā Jāņa Maltas kopkatedrālē atrodas arī noslēpumaina kripta, kurā glabājas iepriekšējo Svētā Jāņa ordeņa bruņinieku lielmestru kapenes.
