A római időkben Patmos szigete száműzetés helye volt, Jézus tanítványa, Szent János KR.E. 95-ben volt a szigeten, mert két évre száműzetésre ítélték. Patmos valójában kifejezetten említi a munkát, mint a hely, ahol ő lett volna a látomások és írta a kinyilatkoztatás, az utolsó a 27 könyvek az Újszövetség. A Szent Anna-barlangot, amelyben ez megtörténik, a kereszténység egyik legfontosabb helyének tekintik. Ezért Patmos, az úgynevezett "Jeruzsálem a Földközi-tenger". A kolostort Szent Kristóf alapította az Arab időszakban, a XI században, majd a teológus Szent Jánosról nevezték el. Patmos majdnem lakatlan volt, amikor ez a tehetséges és művelt szerzetes, San Cristodulo 1088-ban megkérdezte és megszerezte az egész sziget irányítását Alexios I Komnenos Bizánci császártól, hogy kolostort találjon Szent János evangélista tiszteletére. San Cristodulo 1108-ig maradt Patmoszban, amikor a török kalózok inváziója miatt kénytelen volt elhagyni azt, és ugyanebben az évben Euboeában halt meg. Álma azonban továbbra is inspirált más szerzeteseket, akik a következő évszázadokban folytatták munkáját, és kiterjesztették a kolostort a tizenötödik és tizenhetedik század között. A teológus Szent János kolostor megalapítása egy olyan kulturális és vallási út kezdetét jelentette, amely a szigetet az összes kereszténység referenciapontjává tette. Ettől a pillanattól kezdve csodálatos fejlődés kezdődött Patmos szigetén, nemcsak kulturális szempontból, hanem gazdasági szempontból is. Az évszázadok során a San Giovanni kolostor a történelem csaknem évezredében mindig is aktív maradt, és nagy értékű freskókat és ősi dokumentumokat őriz. Patmos szigetét a Patriarchátus, a Zsinati törvény és a görög állam 1155/81-es törvénye szentnek nyilvánította. A kolostort, valamint Chora városát és az Apokalipszis barlangját 1999-ben az Unesco Világörökség része nevezte el nagy egyetemes értékükért. A kolostor kívülről nézve úgy néz ki, mint egy erőd, 15 méter magas impozáns falai miatt. A Patmos legmagasabb csúcsán épült azzal a gondolattal, hogy egy kalózoktól jól védhető helyet épít. A szerzetes halálakor befejeződött a főtemplom (az úgynevezett Katolicon) hatalmas külső falainak építése, valamint a szerzetesek számára ma elérhető húsz sejt közül néhány. A kolostor belsejében számos udvar, kolostor és 10 kápolna található. A központi udvarban, három nagy boltívvel, 1698-ban épült, a főtemplom, a Szent Cristodulo kápolna és a Szűzanya alkotta Katholikon található. A Szűz tiszteletére szentelt kápolna téglalap alakú, a kolostor legrégebbi freskói, amelyek a XI. század végére nyúlnak vissza. A templom belsejében, a görög kereszt terv és a központi kupola, van egy ikonosztáz 1820 és néhány freskók a tizenhetedik században.