A máltai fővárosban való tartózkodás nem teljes a Szent János katedrális meglátogatása nélkül. A projektet 1572-ben Jean de la Cassiere nagymester rendelte meg, hogy a Szent János Lovagrend templomaként szolgáljon, és Gerolamo Cassar máltai építész tervezte. A mű 1577-re készült el, és Keresztelő Szent Jánosnak, a rend két védőszentjének egyikének szentelték. A Vallettában található Szent János’társszékesegyház a kereszténység fontosságát mutatja be Málta országa számára. Kívülről nézve ez a 16. századi katedrális nem tűnik túl nagy dolognak, de ha bepillantasz a belsejébe, igazi meglepetésben lesz részed. A katedrálist a 17. században újították fel, és pazar barokk díszítéssel rendelkezik. A gazdag barokk művészet és ereklyék mellett a Co székesegyházban lenyűgöző barokk freskók, díszes márványpadlók, háromdimenziós szobrok, faragott kőfalak és lélegzetelállító boltíves mennyezetek is találhatók, amelyeket a jól ismert olasz barokk művész, Mattia Preti díszített. A társszékesegyházban található Michelangelo Merisi da Caravaggio egyik nemzetközileg is elismert műve, a ‘Keresztelő Szent János lefejezése’ (1608). Az Oratóriumban található festmény Caravaggio legnagyobb műalkotása, és az egyetlen, amelyen az ő aláírása szerepel. A látogatók az év minden napján eljutnak a székesegyházba, hogy megpillanthassák a híres műalkotást, és sokan minden alkalommal visszatérnek a székesegyházba, amikor a szigeten járnak. Maga a katedrális kilenc ékesen díszített kápolnából áll, amelyek kétoldalt helyezkednek el; nyolcat a Szent János lovagok minden egyes nyelvének építettek, a kilencediket pedig védőszentjüknek, a rend másik védőszentjének, a filermosi Szűzanyának szentelték. Az utolsó kápolnában található a Philermos hölgyet ábrázoló ősi ikon is, amelyet a lovagok szent tárgynak tekintettek. A máltai Szent János’társszékesegyházban egy titokzatos kripta is található, amely a Szent János Lovagrend korábbi nagymestereinek sírjait tartalmazza.
