Az Eisenstadti Szent Márton-székesegyházat először 1264-ben említik. Ebből a kápolnából a mai kórus területén még mindig román stílusú Alapítvány maradványai találhatók. A 13.században a kápolnát egy korai gótikus kórus hozzáadásával bővítették. A 14.században egy laikus kápolnát adtak hozzá. 1460-ban a templomot Johann Siebenhirter városkapitány alatt erődített vagy védekező templomként újjáépítették, mivel Konstantinápoly 1453-as bukása után a törökök támadására számítottak. A gótikus épület 1522-ben készült el. Az 1589-es nagy tűzvész után közel 30 év telt el a súlyosan megrongálódott templom építése előtt, 1610 és 1629 között.
1777-ben Stefan Dorffmeister nagy oltárképét adták hozzá, amely Szent Márton Színeváltozását ábrázolja. A következő évben a Bécsi orgonaépítő Malleck orgonát telepített Joseph Haydn utasításaira.
Az Eisenstadti Egyházmegye létrehozása után a Szent Márton templomot 1960-ban székesegyház rangjára emelték. Szent Márton lett az egyházmegye és a Föld védőszentje. 1960-ban Szent István püspök alatt felújították a belső teret és az ablakokat.
A székesegyház híres egyházi zenéjéről. Az éves Haydn Fesztivál koncertjei is itt zajlanak. 2002/2003-ban ismét felújították a székesegyházat, felújították a belső teret. A modern bútorokat Brigitte Kowanz művész tervezte.
