Les tombes ont été déplacées de l'intérieur de l'ancienne église Saint-François, aujourd'hui une ruine monumentale sans toit, vers le sous-portique et y ont été réassemblées en 1659. Toutefois, tel qu'il apparaît aujourd'hui, le portique est le résultat d'une reconstruction néo-gothique, achevée en 1850 par l'ingénieur Filippo Bandini. La tombe de Paola Bianca Malatesti, première épouse de Pandolfo III, est ornée de statuettes, de corbeaux, d'arcs suspendus et de colonnes torsadées couronnant l'image de la défunte, couchée sur le couvercle du sarcophage élaboré. Il s'agit d'un authentique chef-d'œuvre de la sculpture gothique tardive d'importation vénitienne, réalisé par le maestro Filippo di Domenico. Plus modeste, la tombe de Bonetto da Castelfranco, commandée par Sigismondo Malatesti pour abriter les restes de son fidèle médecin. De l'autre côté du portail se trouve le tombeau Renaissance de Pandolfo III Malatesti, commandé par son fils Sigismondo, qui en a très probablement confié la conception à Leon Battista Alberti. Lors de récents travaux de restauration de l'ensemble du complexe monumental, le corps momifié de Pandolfo III a été découvert de manière inattendue.
