La tumba de Santa Clara fue diseñada y buscada fuera de la puerta de la ciudad, en la iglesia de San Giorgio, donde Francisco ya fue enterrado provisionalmente y donde el Santo fue enterrado el 12 de agosto de 1253. La iglesia de San Giorgio estaba justo a las afueras de la puerta de la ciudad del mismo nombre, un poco más abajo de la carretera que, saliendo de la ciudad, iba "contra Ispellum"; otra carretera subía a San Rufino, y una tercera, bordeando la muralla romana, bajaba hacia Porta Moiano. Por eso el lugar se llamó "Tribium S. Georgii". Entre la carretera y la iglesia había, no hace mucho, un hospital anexo a la iglesia; todo dependía del Cabildo de la Catedral.
Mientras que para el mausoleo-iglesia, que se erigiría en honor de San Francisco, el lugar se determinó sólo dos años después de su muerte, para el que se dedicaría a Santa Clara, se orientó inmediatamente hacia el lado opuesto de la ciudad, junto a la iglesia de San Jorge (Marino Bigaroni, La Basílica de Santa Clara en Asís, p.13). Tres años después de su muerte y un año después de la canonización de Santa Clara, la construcción de la Basílica de Santa Clara comenzó en 1257 alrededor de la antigua iglesia de San Jorge, que había guardado los restos mortales de San Francisco hasta 1230. Los restos mortales del santo ya fueron trasladados en 1260, mientras que la consagración solemne tuvo lugar en 1265, en presencia de Clemente IV. Los trabajos de construcción fueron realizados por el arquitecto Filippo da Campello. La cripta que hoy en día alberga la tumba del santo no se construyó hasta 1850.
