Las tumbas fueron trasladadas desde el interior de la antigua iglesia de San Francisco, ahora una ruina monumental sin techo, al subpórtico y reensambladas allí en 1659. Sin embargo, tal y como aparece hoy, el pórtico es el resultado de una reconstrucción neogótica, realizada en 1850 por el ingeniero Filippo Bandini. La tumba de Paola Bianca Malatesti, primera esposa de Pandolfo III, está adornada con estatuillas, ménsulas, arcos colgantes y columnas retorcidas que coronan la imagen de la difunta, recostada sobre la tapa del elaborado sarcófago. Es una auténtica obra maestra de la escultura gótica tardía de importación veneciana, obra del maestro Filippo di Domenico. Más modesta es la Tumba de Bonetto da Castelfranco, encargada por Sigismondo Malatesti para albergar los restos de su fiel médico. En el lado opuesto del portal se encuentra la tumba renacentista de Pandolfo III Malatesti, encargada por su hijo Sigismondo, que con toda probabilidad encargó el diseño a León Battista Alberti. Durante los recientes trabajos de restauración de todo el conjunto monumental, se encontró inesperadamente el cuerpo momificado de Pandolfo III.
