Osmanlı'nın Atina'yı fethiyle birlikte kentin çehresinde önemli bir değişim yaşandı. Sultan'ın fermanı, Atina'nın çok etnikli bir şehir olmasına izin verirken, rejimin işgali sırasında çoğu tapınak ve anıtın korunması ve kamusal kullanım için yeniden düzenlenmesi talimatını verdi.1759 yılında, Atina'nın Osmanlı valisi Mustafa Ağa Tzistarakis, Monastiraki Meydanı'nda bir cami inşa edilmesini emretti. Ancak Tzistarakis, Sultan'ın fermanıyla çelişen bir hareketle, caminin inşası için kireç elde etmek amacıyla, Olimpos Zeus Tapınağı ya da Hadrianus Kütüphanesi olduğuna inanılan eski bir Yunan tapınağının sütunlarından birinin yıkılmasına nezaret etti.Bu eylem, tapınakların yıkılmasının salgın hastalıklara yol açacağına inanıldığı için yerel batıl inançlara yol açtı. Sonuç olarak, çileden çıkan halk Sultan'a baskı yaparak Tzistarakis'in bir tür yatıştırma olarak Atina'dan sürgün edilmesini sağladı. Ancak bu sürgün yeterli olmadı ve Tzistarakis daha sonra bir suikast sonucu öldürüldü.Sekizgen bir kaide üzerinde yarım küre şeklinde bir kubbeye sahip iki katlı kare bir bina olan Tzistarakis Camii, Yunan Bağımsızlık Savaşı'na kadar cami olarak hizmet vermiştir. Osmanlılardan bağımsızlığını kazandıktan sonra Yunan hükümeti binayı yaşlılar için bir toplantı salonu, hapishane, kışla, depo ve askeri konser ve etkinlikler için bir mekan da dahil olmak üzere çeşitli kullanımlar için yeniden düzenledi. Binayı süsleyen minare 1839 ile 1843 yılları arasında bir tarihte yıkılmıştır.1915 yılında bina yenilenmiş ve 1918 yılında Yunan El Sanatları Müzesi olarak yeniden açılmıştır. Zemin kata 1920 yılında ek ofisler eklenmiş ve müzenin adı 1923 yılında Dekoratif Sanatlar Müzesi olarak değiştirilmiştir. 1966 yılında bina, Suudi Arabistan Kralı Suud'un Atina ziyareti sırasında ibadet yeri olarak kullanılmak üzere geçici olarak yenilenmiştir. Bina ayrıca 1975 yılından bu yana Yunan Halk Sanatları Müzesi'nin bir eki olarak işlev görmektedir. Bina, 1981 yılında meydana gelen depremin ardından restore edilmiş ve 1991 yılında müze amaçlı ek sergi alanıyla birlikte yeniden halka açılmıştır. Bu karmaşık tarih, Tzistarakis Camii'nin yüzyıllar boyunca çeşitli rollere hizmet etmek üzere nasıl gelişerek Atina mirasının kalıcı bir parçası olduğunu göstermektedir.
