Pärast Ateena vallutamist Osmanite poolt toimus linnapildis märkimisväärne muutus. Sultani dekreet lubas Ateenast saada paljurahvuseline linn, mille direktiiv nägi ette enamiku templite ja mälestusmärkide kaitsmise ja ümberkasutamise avalikuks kasutamiseks režiimi okupatsiooni ajal.1759. aastal andis Ateena Osmanite kuberner Mustapha Agha Tzistarakis käsu ehitada monastiraki väljakule mošee. Kuid sultani käskkirjaga vastuolus oleva sammuna laskis Tzistarakis hävitada ühe antiik-Kreeka templi samba, mis arvatavasti oli kas Olümpose Zeusi tempel või Hadriani raamatukogu, et saada mošee ehitamiseks lubja.See tegu tõi kaasa kohaliku ebausu, sest usuti, et templite hävitamine toob kaasa epideemiaid. Sellest tulenevalt avaldasid vihased kohalikud sultanile survet, et ta saadaks Tzistarakise Ateenast pagendusse. Siiski ei piisanud sellest pagendamisest, sest Tzistarakis mõrvati hiljem.Tzistarakise mošee, mis on kaheksakandilise põhja peal asuva poolkerakujulise kuppliga ruudukujuline kahekorruseline hoone, oli mošeena kasutusel kuni Kreeka Vabadussõjani. Pärast türklastest iseseisvuse saavutamist kasutas Kreeka valitsus hoonet mitmeks otstarbeks, sealhulgas vanematekogunemise saaliks, vanglaks, kasarmuks, laohooneks ning sõjaliste kontsertide ja ürituste toimumiskohaks. Minarett, mis oli hoonet kaunistanud, hävitati millalgi aastatel 1839-1843.1915. aastal renoveeriti hoone ja see avati uuesti 1918. aastal Kreeka käsitöömuuseumina. Esimesele korrusele lisati 1920. aastal täiendavad ruumid ja 1923. aastal nimetati muuseum ümber dekoratiivkunsti muuseumiks. 1966. aastal renoveeriti hoone ajutiselt, et see oleks Saudi Araabia kuninga Saudi palvemajaks tema Ateena-visiidi ajal. Alates 1975. aastast on see tegutsenud ka Kreeka rahvakunsti muuseumi kõrvalhoonena. Pärast 1981. aasta maavärinat restaureeriti hoone ja avati taas avalikkusele 1991. aastal, pakkudes muuseumi tarbeks täiendavaid näitusepindu. See keerukas ajalugu näitab, kuidas Tzistarakise mošee on olnud püsiv osa Ateena pärandist, mis on läbi sajandite muutunud ja täitnud erinevaid rolle.
