När Aten erövrades av ottomanerna skedde en betydande förändring av stadens landskap. Sultanens edikt tillät Aten att bli en multietnisk stad, med ett direktiv om att skydda och återanvända de flesta tempel och monument för offentligt bruk under regimens ockupation.År 1759 beordrade Mustapha Agha Tzistarakis, den osmanske guvernören i Aten, att en moské skulle byggas på Monastiraki-torget. Men i strid med sultanens påbud lät Tzistarakis förstöra en av pelarna i ett antikt grekiskt tempel, som tros vara antingen Olympiske Zeus tempel eller Hadrianus bibliotek, för att få kalk till moskébygget.Denna handling ledde till lokal vidskepelse, eftersom man trodde att förstörelsen av tempel skulle medföra epidemier. Den upprörda lokalbefolkningen pressade sultanen att förvisa Tzistarakis från Aten som en form av försoning. Förvisningen var dock inte tillräcklig, eftersom Tzistarakis senare mördades.Tzistarakis moské, en fyrkantig tvåvåningsbyggnad med en halvklotformad kupol på en åttkantig bas, fungerade som moské fram till det grekiska självständighetskriget. Efter att ha blivit självständiga från ottomanerna använde den grekiska regeringen byggnaden för olika ändamål, bland annat som möteslokal för äldre, fängelse, kasern, lager och plats för militära konserter och evenemang. Minareten, som hade prytt byggnaden, förstördes någon gång mellan 1839 och 1843.År 1915 renoverades byggnaden och 1918 öppnades den på nytt som Museum of Greek Handcrafts. Ytterligare kontor byggdes till på bottenvåningen 1920 och museet bytte namn till Museum of Decorative Arts 1923. År 1966 renoverades byggnaden tillfälligt för att fungera som böneplats för kung Saud av Saudiarabien under hans besök i Aten. Sedan 1975 har den också fungerat som ett annex till museet för grekisk folkkonst. Efter en jordbävning 1981 restaurerades byggnaden och öppnades åter för allmänheten 1991, med ytterligare utställningsutrymme för museiändamål. Denna invecklade historia visar hur Tzistarakis-moskén har varit en bestående del av Atens arv och utvecklats för att tjäna olika roller genom århundradena.