Bij de Ottomaanse verovering van Athene vond er een belangrijke verschuiving plaats in het landschap van de stad. Het edict van de sultan stond Athene toe om een multi-etnische stad te worden, met een richtlijn om de meeste tempels en monumenten te beschermen en te herbestemmen voor publiek gebruik tijdens de bezetting door het regime.In 1759 beval Mustapha Agha Tzistarakis, de Osmaanse gouverneur van Athene, de bouw van een moskee op het Monastiraki Plein. Tzistarakis zag er echter op toe dat één van de pilaren van een oude Griekse tempel, waarschijnlijk de Tempel van de Olympische Zeus of de Bibliotheek van Hadrianus, vernield werd om kalk te verkrijgen voor de bouw van de moskee.Deze daad leidde tot plaatselijk bijgeloof, omdat men geloofde dat de vernietiging van tempels epidemieën zou veroorzaken. De woedende inwoners oefenden druk uit op de sultan om Tzistarakis uit Athene te verbannen als een vorm van verzoening. Deze verbanning was echter niet genoeg want Tzistarakis werd later vermoord.De Tzistarakis Moskee, een vierkant gebouw van twee verdiepingen met een halfronde koepel op een achthoekige basis, deed dienst als moskee tot de Griekse Onafhankelijkheidsoorlog. Na de onafhankelijkheid van de Osmanen hergebruikte de Griekse regering het gebouw voor verschillende doeleinden, waaronder een vergaderzaal voor ouderen, een gevangenis, kazerne, magazijn en een locatie voor militaire concerten en evenementen. De minaret, die het gebouw sierde, werd ergens tussen 1839 en 1843 vernield.In 1915 werd het gebouw gerenoveerd en in 1918 heropend als het Museum van Griekse Handwerken. In 1920 kwamen er kantoren bij op de benedenverdieping en in 1923 werd het museum omgedoopt tot Museum voor Decoratieve Kunsten. In 1966 werd het gebouw tijdelijk heringericht om te dienen als gebedsplaats voor koning Saoedi-Arabië tijdens zijn bezoek aan Athene. Sinds 1975 doet het ook dienst als dependance van het Museum voor Griekse Volkskunst. Na een aardbeving in 1981 werd het gebouw gerestaureerd en in 1991 heropend voor het publiek, met extra tentoonstellingsruimte voor het museum. Deze ingewikkelde geschiedenis laat zien hoe de Tzistarakis Moskee een blijvend onderdeel van het erfgoed van Athene is en door de eeuwen heen verschillende functies heeft vervuld.
