Efter den osmanniske erobring af Athen skete der et markant skift i byens landskab. Sultanens edikt tillod Athen at blive en multietnisk by med et direktiv om at beskytte og genbruge de fleste templer og monumenter til offentlig brug under regimets besættelse.I 1759 beordrede Mustapha Agha Tzistarakis, den osmanniske guvernør i Athen, opførelsen af en moské på Monastiraki-pladsen. Men i modstrid med sultanens edikt lod Tzistarakis en af søjlerne i et gammelt græsk tempel, som man mente var enten Zeus' tempel eller Hadrians bibliotek, ødelægge for at skaffe kalk til moskébyggeriet.Denne handling førte til lokal overtro, da man mente, at ødelæggelsen af templer ville medføre epidemier. Derfor pressede den rasende lokalbefolkning sultanen til at sende Tzistarakis i eksil fra Athen som en form for forsoning. Denne forvisning var dog ikke nok, da Tzistarakis senere blev myrdet.Tzistarakis-moskeen, en firkantet toetagers bygning med en halvkugleformet kuppel på en ottekantet base, fungerede som moske indtil den græske uafhængighedskrig. Efter uafhængigheden fra osmannerne ombyggede den græske regering bygningen til forskellige formål, herunder en mødesal for de ældste, et fængsel, en kaserne, et lager og et sted for militære koncerter og arrangementer. Minareten, som havde prydet bygningen, blev ødelagt på et tidspunkt mellem 1839 og 1843.I 1915 blev bygningen renoveret og genåbnede i 1918 som Museum for Græsk Håndværk. Yderligere kontorer blev tilføjet i stueetagen i 1920, og museet blev omdøbt til Museum of Decorative Arts i 1923. I 1966 blev bygningen midlertidigt renoveret for at tjene som bedested for kong Saud af Saudi-Arabien under hans besøg i Athen. Siden 1975 har den også fungeret som et anneks til Museet for Græsk Folkekunst. Efter et jordskælv i 1981 blev bygningen restaureret og genåbnet for offentligheden i 1991 med ekstra udstillingsplads til museumsformål. Denne indviklede historie viser, hvordan Tzistarakis-moskeen har været en varig del af Athens arv og har udviklet sig til at tjene forskellige roller gennem århundrederne.