Er zijn veel belangrijke architectonische en historische sites in de Filippijnen daterend uit de vier eeuwen van de Spaanse bezetting . Hun invloed is te vinden in vele gebieden, met inbegrip van de barokke kerken, waarvan de Miagao kerk is een prachtig voorbeeld. Samen met andere soortgelijke kerken, is dit de status van een UNESCO World Heritage site toegekend onder de titel van de barokke kerken van de Filippijnen. Miagao kerk werd opgericht niet lang na de Spaanse kolonisatie van het gebied in 1580. Het werd aanvankelijk bediend door een bezoekende priester, maar in de jaren 1730 werd het een aparte parochie onder de jurisdictie van de Augustijner Orde, gewijd aan de heilige Thomas van Villanova. De eerste voltijdse Pastoor is Pater Fernando Camporredondo. In de buurt van de kerk werd later een klooster gebouwd. Naarmate de Moro-invasies frequenter werden, liepen de kerk en haar leden gevaar. Deze Moslimraiders uit het zuiden van de Filipijnen hebben elke christen die ze vonden gedood of tot slaaf gemaakt. De invallen waren zo hevig dat de stad gedwongen werd te verhuizen. Een nieuwe kerk werd gestart in 1787 door arbeiders ingelijfd in het project door de Spanjaarden. De nieuwe structuur, die 10 jaar duurde om te voltooien, werd gebouwd op een heuvel met uitzicht op de stad en fungeerde vaak als een fort toen de stad werd aangevallen. Volgens de plaatselijke legende zijn er geheime doorgangen in de kerk. In de late achttiende en vroege negentiende eeuw werd de stad vaak het doelwit van overvallers. De kerk was zowel een plaats van aanbidding, maar ook een fort - niet ongewoon op het moment in dit deel van de Filippijnen. De kerk werd zwaar beschadigd tijdens de revolutie van 1898 en moest worden herbouwd. Het werd ook beschadigd door een brand tijdens de Tweede Wereldoorlog. De huidige kerk is de derde die op de site is gebouwd en is trouw aan het oorspronkelijke ontwerp. Het werd gerestaureerd in de jaren 1960 en werd uitgeroepen tot een nationaal heiligdom door de Filippijnse regering. hij kerk werd gebouwd in een latere barokke stijl met elementen van Romaanse en de kleur van geel-bruin of oker is een gevolg van de adobe, koraal en kalksteen gebruikt in de bouw. De muren van de kerk zijn 4,5 voet (1,4 m) dik en de funderingen worden verondersteld te zijn 18 voet (5,4 m) diep, die stevige fundamenten en bescherming voor de lokale bevolking tijdens invallen en invasies. De voorgevel van de kerk is sierlijk, typisch voor de barokke stijl, en gedomineerd door een reliëf van een palmboom die de boom van het leven symboliseert . Een massief bas-reliëf op de voorkant van St Thomas Villanova bevat elementen van het Spaans, Arabisch, Chinees, en de lokale cultuur, waardoor het enigszins ongebruikelijk en uniek Filipijns. De patroonheilige zelf heeft plaats van eer boven de hoofdingang van de kerk, terwijl sommige van de functies vertellen het gewone leven van de lokale bevolking. De kerk wordt geflankeerd door twee klokkentorens, waarvan de oudste
