Postavitev Studia je 5. junija (po nekaterih virih 5. julija) 1224 z okrožnim pismom (generalis lictera) iz Sirakuz odredil cesar Friderik II Švabski. Ker je bila ustanovljena na cesarjev ukaz, neapeljska univerza absolutno velja za prvo posvetno univerzo v Evropi državnega tipa (tj. ni bila ustanovljena s strani cehov ali združenj intelektualcev ali študentov, temveč na podlagi vladarjevega odloka).Glavna razloga, ki sta vodila cesarja k izgradnji Studia, sta bila dva: prvič, izključno usposabljanje upravnega in birokratskega osebja curia regis (vladajočega razreda v kraljestvu) in s tem priprava pravnikov, ki bi vladarju pomagali pri določanju državnega sistema in izvajanju zakonov; drugič, da bi svojim podanikom olajšal njihovo kulturno izobraževanje in jim tako preprečil nekoristna in draga potovanja v tujino.Sedež je bil izbran v Neaplju ne le zaradi kulturnih razlogov (mesto je imelo dolgo tradicijo na tem področju, povezano z Vergilijem, na katerega izrecno spominja eden od takratnih dokumentov), temveč tudi zaradi geografskih in gospodarskih (pomorska trgovina, blago podnebje in strateški položaj znotraj kraljestva so bili do neke mere odločilni). Organizacija Studia je temeljila na delu dveh uglednih pravnikov iz Kampanije: Piera delle Vigne in Taddea da Sessa.
