Den storslåede Villla dei Misteri er måske den mest kendte bygning af alle udgravningerne og består af ca. 60 værelser og er ruinen af en romersk forstadshusbebyggelse ca. 800 meter nordvest for Pompeji. Den har sit navn fra freskerne i et af boligens rum, som ifølge de fleste forskere forestiller indvielsen af brude i dionysiske fornøjelser.Komplekset, der blev delvist opdaget i 1909-1910, er et beundringsværdigt eksempel på en blanding af villa d'otium og villa rustica, der muligvis tilhørte Istacidi-familien, som var blandt de vigtigste i det augustæiske Pompeii. Ifølge de mest aktuelle undersøgelser går den arkitektoniske udformning tilbage til det første århundrede f.Kr. med efterfølgende omdannelser frem til udbruddet (79 e.Kr.).Villaens nuværende indretning skyldes de indgreb, der fandt sted efter jordskælvet i 62 e.Kr., hvor man begyndte at omdanne bygningen fra en boligvilla til et landbrugs- og produktionskompleks. På tidspunktet for udbruddet i 79 e.Kr. var den sidste ejer i gang med at tilpasse bygningen.Det luksuriøse boligkvarter var placeret på vestsiden og vendte ud mod havet og lå på en markant perspektivisk akse bestående af et atrium, et tablinum og en stue, der afsluttes af en halvcirkelformet exedra med vinduer med panoramaudsigt.Fra stuen med exedra kommer man gennem en sidegang ind i Mysteriesalen. Villaens navn skyldes de fresker, som udsmykker dette triclinium.Mysteriesalen krones af en ekstraordinær billedcyklus, der er genstand for mange diskussioner blandt forskere, og som optager rummets midterste del over en sokkel dekoreret med falsk marmor, der tjener som podie. Scenen domineres af det guddommelige par i midten af bagvæggen, som Dionysos og Afrodite (eller Ariadne) identificeres i.Den narrative spænding kulminerer i den rituelle scene, hvor en knælende kvinde blotlægger sin fallos, mens en bevinget figur er i færd med at foretage en rituel flagellation.
