La grandiose Villla dei Misteri est peut-être le bâtiment le plus connu de toutes les fouilles. Elle comprend une soixantaine de pièces et est la ruine d'une habitation romaine suburbaine située à environ 800 mètres au nord-ouest de Pompéi. Il tire son nom des fresques d'une pièce de l'habitation qui, selon la plupart des spécialistes, représentent l'initiation des jeunes mariées aux plaisirs dionysiaques. Partiellement découvert en 1909-1910, le complexe est un exemple admirable d'un mélange de villa d'otium et de villa rustica, appartenant peut-être à la famille des Istacidii, parmi les plus importantes de la Pompéi augustéenne. Selon les études les plus récentes, sa disposition architecturale remonte au 1er siècle avant J.-C. avec des transformations ultérieures jusqu'à l'éruption (79 après J.-C.). La disposition actuelle de la villa est due aux interventions qui ont eu lieu après le tremblement de terre de 62 après J.-C., lorsque la conversion de l'édifice d'une villa résidentielle à un complexe agricole et productif a commencé. Au moment de l'éruption en 79 après J.-C., des travaux d'adaptation de la structure étaient en cours par le dernier propriétaire. Le luxueux quartier résidentiel était situé à l'ouest et faisait face à la mer, sur un axe de perspective saisissant composé successivement d'un atrium, d'un tablinum et d'un salon fermé à la fin par une exèdre semi-circulaire fenêtrée panoramique. Du salon avec exèdre on entre, par un passage latéral, dans la Salle des Mystères. La villa doit son nom aux fresques qui décorent ce triclinium. La salle des mystères est couronnée par un extraordinaire cycle pictural, largement discuté par les spécialistes, qui occupe la bande centrale de la salle, au-dessus d'un socle décoré de faux marbre qui sert de podium. La scène est dominée par le couple divin au centre du mur du fond, en qui Dionysos et Aphrodite (ou Ariane) sont identifiés. Le point culminant de la tension narrative est atteint dans la scène rituelle où une femme agenouillée découvre son phallus, tandis qu'un personnage ailé se livre à une flagellation rituelle.