Ferdinando Fuga, già impegnato a Napoli, realizzò l'edificio a partire dal 1762 su un preesistente casino appartenente alla famiglia del Duca Beretta di Simari. Dopo poco la villa e il parco furono acquistati da Stefano Reggio e Gravina, principe di Jaci e di Campofiorito (1700-1790). Nel 1768, a lavori appena conclusi, il principe organizzò un fastoso ricevimento in onore dei Principi reali Ferdinando e Maria Carolina d'Austria, novelli sposi e al quale parteciparono anche il Granduca Leopoldo di Toscana, con la consorte Maria Luisa di Borbone, che sarebbero divenuti Imperatori d'Austria.
Alla morte del principe di Aci, nel 1792 la villa entrò nel patrimonio del sovrano, secondo le volontà testamentarie del principe. Ferdinando IV di Borbone vi trasferì l'Accademia degli Ufficiali di Marina.
Nel 1799 la villa fu restaurata e abbellita e il parco fu ampliato fino al mare con l'acquisizione della casina dei Zezza. Sulla costa fu realizzato un approdo per consentire l'accesso dal mare. A seguito degli eventi che portarono alla nascita e alla caduta della Repubblica Partenopea, Ferdinando IV fece ritorno a Napoli da Palermo sbarcando alla Favorita il 27 giugno 1802. Il re donò la villa al suo secondogenito Leopoldo, principe di Salerno, che realizzò un nuovo corpo di fabbrica adiacente, scuderie e depositi ma soprattutto la impreziosì con giochi (i modellini si trovano esposti al Palazzo Reale di Caserta) e intrattenimenti alla moda tra cui balançoires a foggia di cavallo, barca, e sedia e la palazzina delle montagne russe e lo rendeva accessibile ai sudditi nei giorni di festa.
Anche durante il regno di Gioacchino Murat la villa fu utilizzata dal sovrano francese in occasione di feste di corte. Con il ritorno dei Borbone la villa fu nuovamente restaurata e ridecorata da Enrico Alvino per volontà di Ferdinando II.
Tra il 1879 e il 1885 il governo italiano ospitò Ismail Pascià, deposto Kedivè d'Egitto venuto in esilio in Italia. Molti ambienti del primo piano furono decorati in uno stile orientale “alla turca”.
Nel 1893 la villa fu acquistata dal demanio dalla principessa di Santobuono che la tenne fino al 1936 e tornò al demanio per essere poi destinata ad usi militari. La sezione del parco sul mare fu ceduta a privati e da allora ha seguito un corso di eventi indipendenti dal resto della villa.
Nell'immediato dopoguerra ospitò il convitto dei Salesiani per l'educazione e l'assistenza agli orfani di guerra. Attualmente è di proprietà del Ministero di Grazia e Giustizia ed appartiene alla Scuola Superiore di Polizia Penitenziaria.
