Axel Munthe arrivò per la prima volta a Capri all'età di 18 anni. In questa occasione, il futuro medico si "scontrò" con la realtà dell'isola, del tutto diversa da quella parigina, o comunque europea, a cui era abituato. Si trovò, infatti, a rapportarsi con persone completamente diverse dalle sue frequentazioni abituali. A Capri ognuno aveva un ruolo ben preciso all'interno della "comunità", indipendentemente dalla sua estrazione sociale, dettato, molto spesso, dalla tradizione e dall'abitudine. È proprio accompagnato da una di queste personalità, Maria Portalettere, che Axel Munthe giunse al cospetto dei resti di un palazzo appartenuto in passato all'imperatore romano Tiberio, affiancati da una cappelletta in disuso e da un vigneto di proprietà di mastro Vincenzo, altro abitante dell'isola. Fu allora che l'idea della costruzione di Villa San Michele cominciò a farsi spazio nell'animo e nella mente del medico, colpito a tal punto dalla bellezza dell'isola da percepirne addirittura lo spirito, rappresentato allegoricamente da una figura "avvolta in un ricco manto", con la quale strinse un "patto spirituale", secondo cui sarebbe divenuto il legittimo proprietario della terra su cui erigere la villa solo a condizione di rinunciare "all'ambizione di far[si] un nome nella [sua] professione" Munthe si dedicò così per gran parte della sua vita alla costruzione della villa e del giardino. All'epoca i giardini di Capri erano pieni di reperti delle ville romane che affioravano dal terreno, i contadini la chiamavano "roba di Tibberio" e la regalavano spontaneamente al medico che la andava ad aggiungere alla sua collezione di reperti di epoca romana, etrusca ed egizia raccolti durante i suoi viaggi.
Tra i principali oggetti che è possibile ammirare a Villa San Michele si trovano la testa di Medusa che adornava il tempio di Venere a Roma, oggetti di arte sacra medievale, mobili settecenteschi provenienti dalla Toscana, affreschi e sculture romane come il busto in marmo dell'Imperatore Tiberio, il tavolo con lastra marmorea in stile cosmatesco, il lampadario siciliano in ferro battuto e la sfinge egizia. Quest'ultima è diventata quasi un simbolo della dimora di Axel Munthe e si trova su uno dei punti più panoramici di tutta Villa San Michele. Con riguardo alla sginge la leggenda vuole che poggiando la mano sinistra sulla Sfinge ed esprimendo un desiderio mentre si guarda il mare di Capri, questo desiderio si avvererà. Nel giardino si può ammirare una serie di piante caratteristiche della flora mediterranea - come le camelie, le ortensie, splendidi cespugli di rose, i pini e i cipressi - circondate da un tipico colonnato bianco con pergolato, uno dei tratti caratteristici delle ville locali. Inoltre, nel giardino si gode di una straordinaria vista del Golfo di Napoli. Villa San Michele oggi è un museo aperto al pubblico e d'estate ospita la rassegna musicale dei Concerti al Tramonto.
La storia della costruzione della Villa verrà poi raccontato da Munthe nel libro "Storia di San Michele", un best seller entrato nella classifica dei libri più tradotti al mondo.
