Axel Munthe po raz pierwszy przyjechał na Capri w wieku 18 lat. Przy tej okazji przyszły lekarz "zderzył się" z rzeczywistością wyspy, która była zupełnie inna od paryskiej, a przynajmniej europejskiej, do której był przyzwyczajony. Miał zresztą do czynienia z ludźmi zupełnie innymi niż jego zwykli znajomi. Na Capri każdy miał bardzo ściśle określoną rolę w "społeczności", niezależnie od społecznego wydobycia, dyktowaną, bardzo często, przez tradycję i przyzwyczajenie. To właśnie w towarzystwie jednej z takich osób, Marii Portalettere, Axel Munthe natrafił na pozostałości pałacu należącego niegdyś do rzymskiego cesarza Tyberiusza, otoczonego nieczynną kaplicą i winnicą należącą do mastro Vincenzo, innego mieszkańca wyspy. Piękno wyspy tak go uderzyło, że dostrzegł nawet jej ducha, alegorycznie przedstawionego w postaci "owiniętej w bogaty płaszcz", z którym zawarł "duchowy pakt", zgodnie z którym stanie się prawowitym właścicielem ziemi, na której miała powstać willa, tylko wtedy, gdy wyrzeknie się "ambicji zdobycia sławy w [swoim] zawodzie".Munthe poświęcił więc znaczną część swojego życia na budowę willi i ogrodu. W tym czasie ogrody Capri były pełne znalezisk z rzymskich willi, które wypływały z ziemi, chłopi nazywali je "rzeczami Tibberio" i spontanicznie oddawali je lekarzowi, który dodał je do swojej kolekcji rzymskich, etruskich i egipskich artefaktów, które zebrał podczas swoich podróży.Wśród głównych obiektów, które można podziwiać w Villa San Michele, znajdują się głowa Meduzy, która zdobiła świątynię Wenus w Rzymie, przedmioty średniowiecznej sztuki sakralnej, XVIII-wieczne meble z Toskanii, freski i rzeźby rzymskie, takie jak marmurowe popiersie cesarza Tyberiusza, stół z marmurowej płyty kosmatej, sycylijski żyrandol z kutego żelaza i egipski sfinks. Ten ostatni stał się niemal symbolem rezydencji Axela Munthe i znajduje się w jednym z najbardziej panoramicznych punktów całej Villa San Michele. Legenda głosi, że jeśli położy się lewą rękę na sfinksie i wypowie życzenie patrząc na morze Capri, to życzenie się spełni.W ogrodzie można podziwiać szereg roślin charakterystycznych dla flory śródziemnomorskiej - takich jak kamelie, hortensje, piękne krzewy różane, sosny i cyprysy - otoczonych typową białą kolumnadą z pergolą, jedną z charakterystycznych cech tutejszych willi. Ponadto z ogrodu rozciąga się niezwykły widok na Zatokę Neapolitańską. Villa San Michele jest dziś muzeum otwartym dla publiczności, a latem gości festiwal muzyczny Concerti al Tramonto.Historia budowy willi została później opowiedziana przez Munthego w jego książce "Storia di San Michele", bestsellerze, który wszedł na listę najczęściej tłumaczonych książek na świecie.
Top of the World