V časných 1800s, sklad soli obsadil zemi, která by později držet Prezidentský palác. Jeden z nejúspěšnějších obchodníků v Helsinkách, Johan Henrik Heidenstrauch, koupil pozemek a postavil tam svůj domov. Heidenstrauch House, navrhl Pehr Granstedt, upozornil na to, že je mnohem větší než typické obchodní domy té doby. Úředníci si toho všimli a dům byl zakoupen pro finského generálního guvernéra v roce 1837.
Car Mikuláš I. také viděl potenciál domu a požadoval, aby se budova stala jeho oficiálním sídlem v Helsinkách. Palác byl rekonstruován v letech 1843 až 1845. Během této doby bylo přidáno nové křídlo, obsahující kapli, hodovní sál, kuchyň a taneční sál. Císařská rodina nepoužívala dům až do roku 1854, kdy velkovévoda Konstantin navštívil jeden měsíc. Naposledy císařská rodina budovu využila při jednodenní návštěvě Mikuláše II. v roce 1915.
Během první světové války byl palác využíván jako vojenská nemocnice. Když Car/velkovévoda Finska abdikoval v roce 1917, palác se stal majetkem Senátu. Přejmenovali budovu a používali ji jako sídlo až do konce finské občanské války. Bývalý Císařský palác byl následně využíván Němci a bílým finským vojenským štábem, jako potenciální sídlo Prince Fredericka a jako Ministerstvo zahraničních věcí.
Když Finsko přijalo novou ústavu v roce 1919, budova byla vybrána, aby se stala oficiálním sídlem prezidenta. Bývalý Císařský palác byl opraven a vrátil se jeho původní vybavení. V prezidentském paláci byli až na tři finští prezidenti až do roku 1993. Dnes prezident žije v mäntyniemi, přímořské rezidenci v západních Helsinkách.
