V skorých 1800s, sklad pre soľ obsadil krajinu, ktorá by neskôr držať Prezidentský palác. Jeden z najúspešnejších helsinských obchodníkov, Johan Henrik Heidenstrauch, kúpil pozemok a postavil tam svoj domov. Heidenstrauchov dom, ktorý navrhol Pehr Granstedt, upozornil na to, že je oveľa veľkolepejší ako typické vtedajšie Obchodné domy. Úradníci si to všimli a dom bol zakúpený pre fínskeho generálneho guvernéra v roku 1837.
Cár Mikuláš I. tiež videl potenciál domu a požadoval, aby sa budova stala jeho oficiálnym helsinským sídlom. Palác bol zrekonštruovaný v rokoch 1843 až 1845. V tomto období pribudlo nové krídlo, ktoré obsahovalo kaplnku, banketovú sálu, kuchyňu a tanečnú sálu. Cisárska rodina využívala domov až v roku 1854, keď veľkovojvoda Konstantin navštívil jeden mesiac. Cisárska rodina budovu naposledy využila na jednodňovú návštevu Mikuláš II v roku 1915.
Počas prvej svetovej vojny bol palác využívaný ako vojenská nemocnica. Keď cár / veľkovojvoda Fínska abdikoval v roku 1917, palác sa stal majetkom Senátu. Budovu premenovali a používali ju ako ústredie až do konca fínskej občianskej vojny. Bývalý cisársky palác následne využívali Nemci a biely Fínsky vojenský štáb ako potenciálne sídlo princa Fredericka a ako Ministerstvo zahraničných vecí.
Keď Fínsko v roku 1919 prijalo novú ústavu, budova bola vybraná ako oficiálne sídlo prezidenta. Bývalý cisársky palác bol opravený a jeho pôvodné zariadenie sa vrátilo. V Prezidentskom paláci sa nachádzali všetci fínski prezidenti okrem troch až do roku 1993. Dnes prezident žije v Mäntyniemi, prímorskej rezidencii v západných Helsinkách.
