2001 m. atidarytas kardinolas Carlo Maria Martini, kuriam tada jis buvo pavadintas 2017 m., muziejus yra svarbaus projekto, kuriam kai kurie didžiausi XX a.Milanese arkivyskupų veikėjai davė lemiamą indėlį, atvykimo taškas. Jos ištakos siekia 1931 m.pirmąjį Palaimintojo Ildefonso Schusterio, vėliau 1960 m. kardinolo Montini, kuris kaip naujojo muziejaus būstinė nurodo Sant ' eustorgio cloisters, vieną iš pagrindinių Ambrosian krikščionybės istorijos vietų. Galiausiai kardinolui Martini devintajame dešimtmetyje buvo patikėta sudėtinga užduotis pradėti Kloisterių rekonstrukcijos darbus, kuriuos smarkiai sugadino Antrojo pasaulinio karo bombardavimas, patikėtas Belgiojoso studijai.Pirmasis Dominikonų Vienuolynas Milane buvo įsikūręs čia, pradedant XIII a., o du vienuolynai, kuriuose yra sant ' eustorgio Bazilikos muziejus ir Vyskupijos muziejus, yra to senovės vienuolyno liekanos.
Nuolatinė vyskupijos muziejaus kolekcija, užimanti antrąjį vienuolyną, susideda iš daugiau nei tūkstančio darbų tarp II ir XXI amžių. Iš arkivyskupo biuro atėjo Milanese arkivyskupų kolekcijos (Monti, Visconti, Riccardi, Pozzobonelli kolekcijos dalis ir visa Erba Odescalchi kolekcija).
Be paveikslų iš vyskupijos bažnyčių, muziejuje saugoma nemaža liturginių baldų darbų grupė. Kolekciją papildo skyrius, skirtas aukso fondams (keturiolikto ir penkiolikto amžiaus kūriniai, daugiausia Toskanos, surinkti prof. Alberto Crespi ir paaukoti muziejui), taip pat skulptūros ir paveikslai iš Caterina Marcenaro kolekcijos, piešiniai iš Sozzani kolekcijos ir brangusis Schuberto palikimas.
Galiausiai, į pirmąjį Lucio Fontana skulptūrinių kūrinių branduolį buvo pridėta daugybė XX ir XXI a.kūrinių, deklaracija apie didėjantį muziejaus susidomėjimą amžininku.
