Der Winnipeg-See (zusammen mit dem Manitoba-See) ist ein Überbleibsel des prähistorischen Agassiz-Sees aus der letzten Eiszeit. Dieser See war so groß, dass er das Weltklima veränderte und größer war als die fünf Großen Seen zusammen. Er verschwand vor etwa 4.000 Jahren.
Der Winnipeg-See ist zwar groß, aber auch relativ seicht. Er ist der sechstgrößte Süßwassersee Kanadas und der drittgrößte See, der vollständig in Kanada liegt. Er beherbergt viele Inseln, von denen die meisten unbebaut bleiben.
